Python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog Arabidopsis_thaliana youcai--cscore=0.99 --no_strip_names Python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog youcai Brassica_rapa--cscore=0.99 --no_strip_names Python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog youcai ganlan--cscore=0.99 --no_strip_names Python3 -m...
$ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach 20:33:42 [base] lastdb peach peach.cds 20:34:13 [base] lastal -u 0 -P 64 -i3G -f BlastTab peach grape.cds >grape.peach.last 20:34:30 [synteny] Assuming --qbed=grape.bed --sbed=peach.bed 20:34:31 [blastfilter] Load B...
首先要将工作目录切换到输入文件所在目录,然后运行如下命令: $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach20:33:42 [base] lastdb peach peach.cds20:34:13 [base] lastal -u 0 -P 64 -i3G -f BlastTab peach grape.cds >grape.peach.last20:34:30 [synteny] Assuming --qbed=grape.bed ...
软件自带的分析工具虽然已经挺全面的了,但是不能调颜色,所以推荐用python版的MCscan(JCVI 包)。这里只简单介绍一个工具。 利用dual_synteny_plotter 绘制双重共线性图。首先需要修改 dual_synteny 文件。十分简单,打开原本的示例文件就一目了然。 修改玩配置文件后直接运行以下命令。 java dual_synteny_plotter -g a...
/usr/bin/env python2#_*_ coding: utf-8 _*_34importsys,re56gene_info ={}7syn_info ={}89IN = sys.argv[1]##*.gff10IN1 = sys.argv[2]## *.collinearity11IN2 = sys.argv[3]## number,int;1213with open(IN) as f,\14open(IN1) as f1,\15open("%s_syn_region_info" %IN....
可以。Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。Conda是为Python程序创建的，适用于Linux，OSX和Windows，也可以打包和分发其他软件，目前最流行的Python环境管理工具。
1.1 准备 *.blast /export/software/python-2.7.13/bin/python /home/fanjp/bin/gffStat.py -g A.hypogaea.Chrom.gene.gff3 ##提取最长转录本 getGene.pl gffStat.out/A.hypogaea.Chrom.gene.gff3.longest.gff3 A.hypogaea.genome.fasta >A.hypogaea.genome.fasta.cds ...
python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica 1. 下载后无需解压。 自己准备的基因组数据也只需gff3和cds.fa(蛋白序列也可)。 gff3只保留染色体水平的ID,如: AI检测代码解析 grep '^chr' Vvinifera_145_Genoscope.12X.gene.gff3 > apricot.filter.gff3 ...
软件安装 Linux 安装 Python 模块安装 赞同2 条评论 分享喜欢收藏申请转载 写下你的评论... 2 条评论 默认 最新 一颗小番茄 楼主好!!感谢分享 请问这一步 wget -c github.com/wyp1125/MCSc 的全部代码内容就是这一行吗?因为我没办法下载 是我复制的网址出错了吗tvt 2024...
如果需要这两个示例文件可以给推文点赞,点击在看,最后留言 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!