$ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Vvinifera_145_Genoscope.12X.gene.gff3.gz -o grape.bed $ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_298_v2.1.gene.gff3.gz -o peach.bed $ python -m jcvi.formats.fasta format Vvinifera_145_Genoscope.1...
1## 首先生成.sinple文件2python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple spinach.sugar.anchors spinach.sugar.anchors.new34## 编辑配置文件seqids 和layout56#设置需要展示染色体号7vi seqids8chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6 #spinach9Bvchr1.sca001,Bvchr2.sca001,Bvchr3.sca001 #sug...
$ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name --primary_only Vvinifera_145_Genoscope.12X.gene.gff3.gz -o grape.bed deduplication 如果没有事先准备全长转录本的数据,也可以通过如下方式: python -m jcvi.formats.bed uniq ath.bed python -m jcvi.formats.bed uniq osa.bed seqkit g...
github地址https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) 安装 ## 安装lastal网址:http://last.cbrc.jp unzip last-1060.zipcd last-1060make# 把scripts, src 添加到环境变量## jcvipip install jcvi## 若出现 from rillib.parse import urlparse 缺少parse模块,则装parse模块,然后将urll...
Python library to facilitate genome assembly, annotation, and comparative genomics - MCscan (Python version) · tanghaibao/jcvi Wiki
软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3。安装可用pip: ...
phytozome9 | Retrieve genomesandannotationsfromphytozome version9.0(legacy) sra | Retrieve filesfromSRA via the sra-instant FTP 比如从Phytozome下载,要提前注册好,如下命令提示输入账号密码。 python -mjcvi.apps.fetchphytozome Vvinifera,Ppersica 下载后无需解压。
Dear Mr Tang I use MCScanX to ananlyze Synteny and obtain the results. Then I use MCscan python version to visualize . As you know McScanX use blast to analyze similarity however MCscan python version is not . I want to know to whether t...
MCscan (Python version) 是一个方便的染色体级别可视化工具,详细流程请见:MCscan-(Python-version) 以下是一些例子: 相关项目 处理fasta 文件中多行显示的问题 处理fasta 文件中多行显示的问题 从网络上下载的 fasta 文件,其序列可能是以一行 60bp 碱基这… ...
python -m jcvi.compara.synteny depth --histogram halleri.lyrata.anchors fig6.png 三、染色体水平的局部同线性图绘制 进行这一步需要准备三个文件 (一)生成一个.simple比文件更简洁的.anchors文件 python-m jcvi.compara.synteny screen--minspan=30--simple \ ...