$ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach 20:33:42 [base] lastdb peach peach.cds 20:34:13 [base] lastal -u 0 -P 64 -i3G -f BlastTab peach grape.cds >grape.peach.last 20:34:30 [synteny] Assuming --qbed=grape.bed --sbed=peach.bed 20:34:31 [blastfilter] Load B...
python3-m jcvi.formats.gff bed --type=gene Arabidopsis_thaliana.gff3 -o Arabidopsis_thaliana.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Brassica_rapa.gff3 -o baicai.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Brassica oleracea.gff3 -o ganlan.bed python3 -m jcvi.formats.gf...
首先要将工作目录切换到输入文件所在目录,然后运行如下命令: $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach20:33:42 [base] lastdb peach peach.cds20:34:13 [base] lastal -u 0 -P 64 -i3G -f BlastTab peach grape.cds >grape.peach.last20:34:30 [synteny] Assuming --qbed=grape.bed ...
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_298_v2.1.gene.gff3 -o peach.bed #reformat fasta python -m jcvi.formats.fasta format Vvinifera_145_Genoscope.12X.cds.fa.gz grape.cds python -m jcvi.formats.fasta format Ppersica_298_v2.1.cds.fa.gz peach.cds #identify ...
首先利用gff3文件,得到每一个基因的起始和终止坐标信息,注意基因有多个transcripts,只需要保留“xxxx.1”的转录本,不同物种的序列用awk等工具灵活处理。 python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gff3.gz -o soybean.bed ...
2、可视化:软件自带的分析包不能调颜色,所以推荐用python版的MCscan(JCVI 包),具体参考我的另一篇文章其实MCScanX画图也可以很好看 绘图瞬间高大上 驴和马基因组的共线性分析 这里直接使用下游dot_plotter, dual_synteny_plotter, circle_plotter和bar_plotter4个java包更便捷 ...
singularity -d build jcvi.sif docker://tanghaibao/jcvi 以后有空再更新吧~ 2023.5.8 更新 上面例子仅仅只是作图,没有阐明具体的生物学问题。这里通过以上的数据补充几个思考: 棉花和可可的WGD(全基因组加倍)事件分别在多少年前? 在多少年前棉花和可可发生了物种分化?
可视化:软件自带的分析包不能调颜色,所以推荐用python版的MCscan(JCVI 包)。 这里直接使用下游dot_plotter, dual_synteny_plotter, circle_plotter和bar_plotter4个java包更便捷 gff和collinearity是上一步的输出,还需要编辑一个control文件,设置需要展示的染色体信息(和gff的第一列一致) ...
singularity -d build jcvi.sif docker://tanghaibao/jcvi 以后有空再更新吧~ 2023.5.8 更新 上面例子仅仅只是作图,没有阐明具体的生物学问题。这里通过以上的数据补充几个思考: 棉花和可可的WGD(全基因组加倍)事件分别在多少年前? 在多少年前棉花和可可发生了物种分化?
软件自带的分析工具虽然已经挺全面的了,但是不能调颜色,所以推荐用python版的MCscan(JCVI 包)。这里只简单介绍一个工具。 利用dual_synteny_plotter 绘制双重共线性图。首先需要修改 dual_synteny 文件。十分简单,打开原本的示例文件就一目了然。 修改玩配置文件后直接运行以下命令。 java dual_synteny_plotter -g a...