单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
专利摘要显示，本发明公开了一种Mate pair文库制备方法，其包括将基因组DNA片段化、生成大于1kb的片段等一系列步骤，可以通过环化、随机片段化、单链环化反应等过程，获得用于基因测序的文库。该专利技术提高了Mate pair文库的制备效率，有助于提升高通量测序在复杂基因组分析中的应用能力。本文源自：金融界 作者：情报...
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系目前3种测序技术 Roche 454,illumina Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。 在基因组De Novo测序过程中,Roche 454的单端测序读长可…
The maximum distance x for a pair considered to be properly paired (SAM flag 0×2) is calculated by solving equation Phi((x-mu)/sigma)=x/L*p0, where mu is the mean, sigma is the standard error of the insert size distribution, L is the length of the genome, p0 is prior of anomal...
NxSeq® Long Mate Pair Library Kit NxSeq®LongMatePairLibraryKit产品说明书使用两个文库获得微生物基因组完成图灵活的插入片段大小:基于凝胶选择的方法20kb,无需凝胶的方法<8kb通过现有的Illumina测序仪,利用20kb构建流程可以得到微生物基因组完成图适用于二代测
Addendum: for BWA, at least, the proper pair flag depends not only on the FR orientation but also on insert size being within a certain range (fromBWA manual): The maximum distance x for a pair considered to be properly paired (SAM flag 0×2) is calculated by solving equation Phi((x...
Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上...
仅需2天即可完成mate pair文库构建 更高的文库多样性和数据质量 图1. 建库流程示意图 本试剂盒提供两种文库构建方案:非胶回收方案和胶回收方案。 在非胶回收方案中,仅需要低至1 ug的基因组DNA即可完成建库,得到插入片段长度分布2-15kb之间的高度序列多样性Mate Pair文库,广泛应用于小基因组de novo测序与组装。
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系目前3种测序技术Roche454,Solexa和ABISOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组DeNovo测..
测了一个mate pair文库，发现其中pair end reads占了大概50%，请教有做过类似实验的大牛帮忙分析下可能...