单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
下面以solexa为例,对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA...
But if you’re just doing conventional paired-end sequencing (i.e. Illumina), your reads are supposed to align FR, and if they instead align RF, FF or RR, that’s a problem and often indicates the reads aligned incorrectly (though it could also mean they aligned correctly and that a r...
pairedend方法是指在构建待测dna文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点在第一轮测序完成后去除第一轮测序的模板链用对读测序模块pairedendmodule引导互补链在原位置再生和扩增以达到第二轮测序所用的模板量进行第二轮互补链的合成测序图2 illumina的mate-pairpaired-endandsingleread 以solexa为例,对单端测序(...
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系目前3种测序技术Roche454,Solexa和ABISOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组DeNovo测..
单端单序(Single-read)和端单序双(Paired-end和Mate-pair)的单系目前3单单序技单Roche454,Solexa和ABISOLID均有单端单序和端单序双两单方式。在基因单De..
Paired-end Reads 目前的二代测序技术有单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)两种方式。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。本期主要介绍双端测序中的 Paired-end reads 情况。 测序原理 PE/MP 测序也叫双向测序,是对一个长的序列测得其两端的序列。两端的序...
insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair (测序方面):测三只大熊猫;得到的insert size有150bp,500bp,2kb,5kb和10kb这四种,可测得序列长度和平均reads长度。 为什么average reads这么短? 因为insert size是打断前的长度,打断之后便是reads,这里计算average reads长度。
Genome assembly scaffolding using information from paired-end/mate-pair libraries, long reads, and synteny to closely related species. - GitHub - lpryszcz/pyScaf: Genome assembly scaffolding using information from paired-end/mate-pair libraries, long re
Currently this is only informative for paired-end data and note mate paired. -l,--insert_size <arg> mean library insert size for either mate-paired or paired-end. Default: 200 -m,--mate_pair Perform mate-pair rather than paired end run. --mate_frag <arg> If using a mate-pair ...