在“search”页面中，用户可以通过从下拉菜单中选择物种、从组织层级树中选择组织类型、从细胞层级树中选择细胞类型来搜索感兴趣的marker gene。2 PanglaoDB通过对1000余项实验的单细胞数据进行计算分析，在数据库中纳入了400万个细胞的基因数据，涉及人类和小鼠中200余种组织来源（其中184种人类组织，74种小鼠组织）。
7. EMBL-EBI EMBI中单细胞数据库 https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home 图片.png 8. FlyAtlas 2 果蝇成虫 BulkRNA-seq 数据 http://flyatlas.gla.ac.uk/FlyAtlas2/index.html?page=gene# 图片.png 9. DRscDB 果蝇单细胞数据库 https://www.flyrnai.org/tools/single_cell/web/ 图片.png 10. FLY ...
人工注释的方式有很多种 ,也许比较常见的就是 根据自己整理的 Marker gene(数据库,文献等),绘制一些常见的图形(vln plot,dot plot,feature plot,heatmap ),再结合各个cluster的差异基因来进行注释。 根据自定义的Marker gene 绘制图形 代码语言:javascript 复制 library(Seurat)library(tidyverse)#点图 可以接受list ...
4.marker gene 数据库 众所周知,单细胞数据的分群结果是建立在数学逻辑上的,缺乏生物学意义。在鉴定每个群的细胞类型时,我们依赖已有的细胞类型特异表达的marker基因。因此,准确的marker基因是确定细胞类型的关键。该网站提供了不同物种、不同组织的marker基因列表。这些marker基因经过了RNA原位杂交或GFP报告基因表达的验...
人工注释的方式有很多种 ,也许比较常见的就是 根据自己整理的 Marker gene(数据库,文献等),绘制一些常见的图形(vln plot,dot plot,feature plot,heatmap ),再结合各个cluster的差异基因来进行注释。 根据自定义的Marker gene 绘制图形 library(Seurat)
单细胞分析聚类得到各个分类群后,通常我们需要依赖Marker gene来定义每一个类群; 在使用Monocle进行发育轨迹分析或细胞聚类时,如果有Marker gene也可以更好的进行结果分析。 那么如何获取这些对应的Marker gene呢? 上次单细胞培训时(5月份下一期培训也开始了),一位老师给推荐了CellMarker数据库,是哈尔滨医科大学 Yun Xia...
常用的三个数据库: http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker https://panglaodb.se/ https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/genesets.jsp?collection=C8 存储在txt文件,每一行放一个细胞名和一个marker基因名,如果一种细胞有多个marker基因就拆成多行。
一Marker gene 可视化 人工注释的方式有很多种 ,也许比较常见的就是 根据自己整理的 Marker gene(数据库,文献等),绘制一些常见的图形(vln plot,dot plot,feature plot,heatmap ),再结合各个cluster的差异基因来进行注释。 根据自定义的Marker gene 绘制图形 ...
一Marker gene 可视化 人工注释的方式有很多种 ,也许比较常见的就是 根据自己整理的 Marker gene(数据库,文献等),绘制一些常见的图形(vln plot,dot plot,feature plot,heatmap ),再结合各个cluster的差异基因来进行注释。 根据自定义的Marker gene 绘制图形 ...
1.数据库筛选法 数据库筛选法是利用已有的生物信息学数据库,如GeneCards、OMIM、UniProt等,通过关键词搜索、功能注释和表达谱分析等方法,筛选出与特定生物过程或疾病相关的marker基因。 2.生物信息学分析 (1)差异表达分析:通过高通量测序技术(如RNA-seq)获得不同样本的基因表达数据,利用DESeq2、EdgeR等差异表达分析...