PCMDB(Plant Cell Marker Data Base),是一个植物细胞marker数据库。PCMDB收录了六种常见模式植物(拟南芥、水稻、玉米、大豆、番茄和烟草)的三种不同类型的细胞标记,包括实验验证的标记基因(3119个),基于Bulk RNA-seq数据的差异表达标记基因(40625个),以及通过scRNA-seq鉴定的特定细胞间的差异表达基因(46915个)。
PCMDB(Plant Cell Marker Data Base)是一个植物细胞marker数据库。PCMDB收录了六种常见模式植物 (拟南芥、水稻、玉米、大豆、番茄和烟草) 的三种不同类型的细胞标记,包括实验验证的标记基因(3119个),基于Bulk RNA-seq数据的差异表达标记基因(40625个),以及通过scRNA-seq鉴定的特定细胞间的差异表达基因(46915个)。
在“search”页面中，用户可以通过从下拉菜单中选择物种、从组织层级树中选择组织类型、从细胞层级树中选择细胞类型来搜索感兴趣的marker gene。2 PanglaoDB通过对1000余项实验的单细胞数据进行计算分析，在数据库中纳入了400万个细胞的基因数据，涉及人类和小鼠中200余种组织来源（其中184种人类组织，74种小鼠组织）。
Marker gene可以很方便的通过左侧层级树浏览查看, 支持该基因为Marker的文献越多,词云图中的字体就越大。来源于单细胞测序,实验验证, 综述文章和公司数据的支持分别列出。点击More details可以查看更详细的名字、数据库外链、来源的文献或其他支持信息等。 同时支持直接搜索组织、细胞系类型或癌症相关的Marker,或搜索一...
常用的三个数据库: http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker https://panglaodb.se/ https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/genesets.jsp?collection=C8 存储在txt文件,每一行放一个细胞名和一个marker基因名,如果一种细胞有多个marker基因就拆成多行。
marker_gene_info = example_marker_mat, s = s, learning_rate = 1e-2, shrinkage = TRUE, verbose = FALSE) 02 SingleR 在一篇研究肺纤维化相关巨噬细胞亚型的文章中[5],作者同时开发了一种单细胞转录组数据的细胞类型注释工具——SingleR。它通过将未知类型的单细胞的基因表达与参考数据集中已知细胞类型的...
评价:这个数据库的marker是细胞表面分子marker,和转录组的marker还是不一样。因此不使用。 https://www./cn/resources/cell-markers/immune-cells SCsig: https://www./gsea/msigdb/supplementary_genesets.jsp#SCSig 评价:这是一个基于GSEA分析获得的单细胞测序的marker基因数据集,这个数据集包含的数量比较少。本...
在对不同的细胞类型进行鉴定的同时,我们需要一些经典的marker基因进行判断,这就需要注释人员去根据每个项目情况,查阅相关文献及数据库,选择合适的特异性高表达的marker基因。我们根据文献和数据库,整理了不同组织样本中的细胞类型marker gene list,以人肺组织大类图谱为例,部分细胞类型及marker基因如下表所示。
示例数据 df<-read.csv("scviolin.csv",header=T)# 按自己的要求排序,该顺序对应图中的顺序df$aging<-factor(df$aging,levels=c("Y","O"))df$cluster_short<-factor(df$cluster_short,levels=c("OO","GC","SC","SMC","EC","NKT","M"))df$gene<-factor(df$gene,levels=c("DDX4","AMH",...
对于人的也一样,换一下数据库就行了。 代码语言:javascript 复制 # BiocManager::install("scran")library(scran)hs.pairs<-readRDS(system.file("exdata","human_cycle_markers.rds",package="scran"))str(hs.pairs)head(hs.pairs$G1)###基因转换library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)# x<-names...