makeblastdb-inmy_sequences.fasta-dbtypenucl -'-in'指定了输入文件 -'-dbtype'指定了数据库类型（nucl代表核酸，prot代表蛋白质）2.常见参数：-'-in<文件>':输入文件路径，包含你想加入数据库的序列 -'-dbtype<类型>':数据库类型，nucl表示核酸，prot表示蛋白质 -'-title<标题>':数据库的标题 -'-out...
makeblastdb -in mydb.fasta -dbtype nucl -out mydb #如果是核酸 -dbtype nucl 如果蛋白 -dbtype prot 但如果你下载了的文件有3个例如 mydb-00.fasta mydb-01.fasta mydb-02.fasta 方法一: cat mydb-00.fasta mydb-01.fasta mydb-02.fasta > mydb-all.fasta makeblastdb -in mydb-all.fasta...
一般用到的格式如下: makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数)...
-dbtype<String, `nucl', `prot'> Molecule type of target db OPTIONAL ARGUMENTS -h Print USAGE and DESCRIPTION; ignore all other parameters -help Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS; ignore all other parameters -version Print version number; ignore other arguments Input options -in <File_In>...
1)用命令将test.fasta转化为数据库test_db:makeblastdb -in test.fasta -dbtype nucl -title ctjsw -parse_seqids -out test_db ``` ctjsw@xps:~/blast-lastest$ makeblastdb -intest.fasta -dbtype nucl -title ctjsw -parse_seqids -outtest_db ctjsw@xpsp:~/blast-lastest$ makeblastdb -in te...
makeblastdb -inmature.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title miRBase -parse_seqids -out miRBase -logfile File_Name -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数) ...
makeblastdb -in IWGSC_v1.0_blastdb.fasta -dbtype nucl -title CS_v1.0_full -parse_seqids -out CS_v1.0_full 1 但是需要注意序列名字的问题,如果不注意,使用blastdbcmd调取目标序列时会出现问题。fasta格式中序列名字必须使用“|”隔开。比如序列原始名字是>chr1A ,则需要修改成>lcl|chr1A。这样就可以了...
"Molecule type of target db ('nucl' or 'prot').", 48 Tests/test_NCBI_BLAST_tools.py @@ -258,6 +258,54 @@ def test_fasta_db_prot(self): ) self.assertTrue(os.path.isfile("GenBank/NC_005816.faa.psq")) def test_fasta_db_prot_legacy(self): """Test makeblastdb wrapper wit...
and here is the more detailed error logINFO:busco.BuscoTools Creating BLAST database with input file INFO:busco.Toolset Running 1 job(s) on makeblastdb DEBUG:busco.Toolset cmd call: /Users/carolynku/anaconda2/envs/bsucoenv/bin/makeblastdb -in pmin_igv/pmin.ctg.fa -dbtype nucl -out ...
makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name 注意:BLAST+2.2.24中这个参数不要加 -parse_seqids,不然成死循环 -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 ...