makeblastdb -in mydb.fasta -dbtype nucl -out mydb #如果是核酸 -dbtype nucl 如果蛋白 -dbtype prot 但如果你下载了的文件有3个例如 mydb-00.fasta mydb-01.fasta mydb-02.fasta 方法一: cat mydb-00.fasta mydb-01.fasta mydb-02.fasta > mydb-all.fasta makeblastdb -in mydb-all.fasta...
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错,生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决:makeblastdb 工具版本问题,从2.13.0版本改成2.6.0版本,就可以... 运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错,生成all.pep.fa.pdb-loc...
makeblastdb-inmy_sequences.fasta-dbtypenucl -'-in'指定了输入文件 -'-dbtype'指定了数据库类型（nucl代表核酸，prot代表蛋白质）2.常见参数：-'-in<文件>':输入文件路径，包含你想加入数据库的序列 -'-dbtype<类型>':数据库类型，nucl表示核酸，prot表示蛋白质 -'-title<标题>':数据库的标题 -'-out...
从hmpdacc下载了一个蛋白数据库 fasta格式的 但里面有重复序列 运行makeblastdb时会报错 CODE:Duplicate ...
indir=config["indir"], outdir=config["outdir"], input: genomeB=get_genomeB, output: "{outdir}/{genomeB}.njs", shell: "{params.makeblastdb} -in {input.genomeB} -input_type fasta -dbtype nucl -title {wildcards.genomeB} -out {wildcards.outdir}/{wildcards.genomeB}"17...
0 959 02.Linux-CentOS系统Firewalld防火墙配置 2019-12-05 10:13 −1、firewalld的基本使用 启动: systemctl start firewalld关闭: systemctl stop firewalld查看状态: systemctl status firewalld 开机禁用 : systemctl disable firewalld开机启用 : sys... ...
最近做数据库,出现这个报错。可以通过在用户变量中新建一个变量“BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE”里面的值设置为“1000000”如图
and here is the more detailed error logINFO:busco.BuscoTools Creating BLAST database with input file INFO:busco.Toolset Running 1 job(s) on makeblastdb DEBUG:busco.Toolset cmd call: /Users/carolynku/anaconda2/envs/bsucoenv/bin/makeblastdb -in pmin_igv/pmin.ctg.fa -dbtype nucl -out ...
原博文 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 44954 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部...
The author cites a claim wherein the claimant reported a stolen vehicle only to find out that his car was buried in his own backyard. She adds that claims adjusters also encounters recovery of historical items and hidden treasures.PontorieroCaterinaEBSCO_bspNational Underwriter...