一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl...
3.1 建库(makeblastdb) 3.2 进行比对 一、BLAST程序简介 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速将核苷酸或蛋白质序列与公开数据库进行相似性序列比较,并计算匹配的统计显著性。进而可用于推断序列之间的功能和进化关系,并帮助识别基因家...
1)用命令将test.fasta转化为数据库test_db:makeblastdb -in test.fasta -dbtype nucl -title ctjsw -parse_seqids -out test_db ``` ctjsw@xps:~/blast-lastest$ makeblastdb -intest.fasta -dbtype nucl -title ctjsw -parse_seqids -outtest_db ctjsw@xpsp:~/blast-lastest$ makeblastdb -in te...
makeblastdb -dbtype nucl -parse_seqids -in xx.fa -out xx 实际使用时只需要修改xx即可,其它均不用更改。其中-dbtype nucl代表构建的数据库类型为核酸序列数据库;-parse_seqids代表如果输入的是fasta文件,添加该参数后将对sequence id进行解析(也就是构建索引);-in xx.fa代表输入我们用于构建数据库的序列的f...
makeblastdb的原理是将输入的序列文件转换为BLAST数据库的格式,以便后续的BLAST搜索能够高效地进行。它的具体原理如下: 1. 输入序列文件,makeblastdb接受用户提供的序列文件作为输入,可以是FASTA格式的蛋白质或核酸序列文件。 2. 序列索引,makeblastdb首先对输入的序列文件进行索引,以便快速访问和搜索。它会构建一个索引...
第(1)步:makeblastdb命令建立检索所需“数据库” blast数据库有两种类型:核酸数据库(关键字:nucl)和氨基酸数据库(关键字:prot)。 blast创建数据库的命令:makeblastbd(该命令的参数可以通过“-help”查看,这很重要!) $>>makeblastdb-helpUSAGEmakeblastdb[-h][-help][-ininput_file][-input_type type]-db...
-dbtype:数据库类型,prot或nucl -parse_seqids:解析序列标识(建议加上) -out:数据库名 -title:数据库名(略) -logfile:日志文件,默认输出到屏幕 更多参数 makeblastdb -help (2)blast+比对 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue...
makeblastdb -in IWGSC_v1.0_blastdb.fasta -dbtype nucl -title CS_v1.0_full -parse_seqids -out CS_v1.0_full 1 但是需要注意序列名字的问题,如果不注意,使用blastdbcmd调取目标序列时会出现问题。fasta格式中序列名字必须使用“|”隔开。比如序列原始名字是>chr1A ,则需要修改成>lcl|chr1A。这样就可以了...
makeblastdb命令行工具用法 makeblastdb_usage.txt 1.命令格式：makeblastdb-inmy_sequences.fasta-dbtypenucl -'-in'指定了输入文件 -'-dbtype'指定了数据库类型（nucl代表核酸，prot代表蛋白质）2.常见参数：-'-in<文件>':输入文件路径，包含你想加入数据库的序列 -'-dbtype<类型>':数据库类型，nucl表示...
wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz gunzip nr.gz diamond makedb --innr --db nr --in: 后面跟蛋白质数据库 --db: 指定生成的diamond数据库名称 比对搜索 相当简单,只有两个子命令,blastx和blastp,前者比对DNA序列,后者比对蛋白 ...