makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数) -parse_seqids 推荐加...
makeblastdb命令行工具用法 makeblastdb_usage.txt 1.命令格式：makeblastdb-inmy_sequences.fasta-dbtypenucl -'-in'指定了输入文件 -'-dbtype'指定了数据库类型（nucl代表核酸，prot代表蛋白质）2.常见参数：-'-in<文件>':输入文件路径，包含你想加入数据库的序列 -'-dbtype<类型>':数据库类型，nucl表示...
建立DNA blastdb 為了將查詢序列與參考序列進行比較,你必須建立引用的 blastdb。這是使用makeblastdb完成的,當安裝爆炸時包含makeblastdb。 makeblastdb -in -dbtype nucl -out 所以如果你有一個檔案reference.fasta包含以下記錄: >reference_1 ATCGATAAA >reference_2 ATCGATCCC 你將執行以下內容: makeblastd...
Makeblastdb参数详解 REQUIRED ARGUMENTS -dbtype<String, `nucl', `prot'> Molecule type of target db OPTIONAL ARGUMENTS -h Print USAGE and DESCRIPTION; ignore all other parameters -help Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS; ignore all other parameters -version Print version number; ignore other ...
如果文件存在且权限正确,但 makeblastdb 仍然报错,可能是文件已损坏或格式不符合 BLAST 数据库的要求。尝试使用其他工具或方法验证文件的完整性和格式。 如果以上步骤都无法解决问题,你可能需要查看 makeblastdb 的日志文件(如果有的话)以获取更详细的错误信息,或者联系技术支持以获取帮助。
makeblastdb报错磁盘空间不足解决办法 最近做数据库,出现这个报错。 可以通过在用户变量中新建一个变量“BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE”里面的值设置为“1000000” 如图
创建DNA blastdbCreated: November-22, 2018 为了将查询序列与参考序列进行比较,你必须创建引用的 blastdb。这是使用 makeblastdb 完成的,当安装爆炸时包含 makeblastdb。makeblastdb -in -dbtype nucl -out 所以如果你有一个文件 reference.fasta 包含以下记录:>reference_1 ATCGATAAA >reference_...
从blastdb 中提取 GI 和 taxidCreated: November-22, 2018 可以使用 blastdbcmd 从blastdb 中提取数据,blastdbcmd 应该包含在爆炸装置中。你可以从以下选项中指定 -outfmt 的一部分,包括哪些元数据以及包含的顺序。 从手册页: -outfmt <String> Output format, where the available format specifiers are: %f ...
NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall 该命令会显示所有可供下载的blast数据库,请自行选择: 16SMicrobial ...
Makeblastdb参数详解 REQUIREDARGUMENTS -dbtypeMoleculetypeoftargetdb OPTIONALARGUMENTS -hPrintUSAGEandDESCRIPTION;ignoreallotherparameters -helpPrintUSAGE,DESCRIPTIONandARGUMENTS;ignoreallotherparameters -versionPrintversionnumber;ignoreotherarguments Inputoptions ...