makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数) -parse_seqids 推荐加...
為了將查詢序列與參考序列進行比較,你必須建立引用的 blastdb。這是使用 makeblastdb 完成的,當安裝爆炸時包含 makeblastdb。makeblastdb -in -dbtype nucl -out 所以如果你有一個檔案 reference.fasta 包含以下記錄:>reference_1 ATCGATAAA >reference_...
blastdbcmd -db refseq_rna -entry nm_000249 -out test_query.fa blastn -query test_query.fa -db refseq_rna -task blastn -dust no -outfmt 7 -num_alignments 2 -num_descriptions 2 ``` -task 规定搜索采用的策略:可选为'blastn' 'blastn-short' 'dc-megablast' 'megablast' 'vecscreen'. 默...
PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 − 生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。 PSI-BLAST最灵敏的BLAST,选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白。 PHI-BLAST找氨基酸motif ,参数有-db 数据库,-query 输入文件,-cut输出文件 Ensembl模式生...
你可以使用 blastdbcmd 从fasta 文件构造的 blastdb 中提取 fasta 序列,blastdbcmd 应该在安装 makeblastdb 时安装。 blastdbcmd -entry all -db <database label> -out <outfile> 如果你有一个名为 my_database 的数据库,其中包含文件 my_database.nhr,my_database.nsq,my_database.nin,并且你希望将...
最近做数据库,出现这个报错。可以通过在用户变量中新建一个变量“BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE”里面的值设置为“1000000”如图
cat mydb-00.fasta mydb-01.fasta mydb-02.fasta > mydb-all.fasta makeblastdb -in mydb-all.fasta -dbtype nucl -out mydb 这个方法有一个缺点,如果你下载的文件特别多,例如1000个文件,mydb-000.fasta,...,mydb-999.fasta 再连接起来产生一个文件,会太占磁盘空间。
从NCBI上下载的db库是一个个分割的压缩包，解压后只要文件没有损坏，blast程序就可以识别了 ...
makeblastdb的原理是将输入的序列文件转换为BLAST数据库的格式,以便后续的BLAST搜索能够高效地进行。它的具体原理如下: 1. 输入序列文件,makeblastdb接受用户提供的序列文件作为输入,可以是FASTA格式的蛋白质或核酸序列文件。 2. 序列索引,makeblastdb首先对输入的序列文件进行索引,以便快速访问和搜索。它会构建一个索引...
makeblastdb命令行工具用法 makeblastdb_usage.txt 1.命令格式：makeblastdb-inmy_sequences.fasta-dbtypenucl -'-in'指定了输入文件 -'-dbtype'指定了数据库类型（nucl代表核酸，prot代表蛋白质）2.常见参数：-'-in<文件>':输入文件路径，包含你想加入数据库的序列 -'-dbtype<类型>':数据库类型，nucl表示...