后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间和名称,注意bed格式中起始位置从0开始计数,第五列的值为int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列为fold_enrichment,第八列为-log10(pvalue),第九列为-log10(qvalue),第十列为peak的中心,即summit距离peak起始位置的距离,对应...
后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间和名称,注意bed格式中起始位置从0开始计数,第五列的值为int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列为fold_enrichment,第八列为-log10(pvalue),第九列为-log10(qvalue),第十列为peak的中心,即summit距离peak起始位置的距离,对应...
NAME_peaks.narrowPeak NAME_peaks.broadPeak 类似内容和NAME_peaks.xls基本一致,适合用于导入R进行分析。 5th:整数信号值 7th:fold-change 8th:-log10 pvalue 9th:-log10 qvalue 10th:summit距离peak起始位点的距离 NAME_summits.bed:记录每个peak的peak summits,话句话说就是记录极值点的位置。MACS建议用该文件...
后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间和名称,注意bed格式中起始位置从0开始计数,第五列的值为int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列为fold_enrichment,第八列为-log10(pvalue),第九...
chip_peaks.narrowPeak chip_peaks.xls chip_summits.bed model.r 是一个可执行的 R 脚本,通过以下代码可以产生一个 PDF 的输出文件 Rscript chip_model.r 第一页表示 peak 邻近区间正负链测序分布,用于评估 d 这个参 数值,示意如下 第二页是 cross-correlation 分析的结果,示意如下 后缀为 xls 的文件是 pea...
NAME_peaks.narrowPeak*narrowPeak文件是BED6+4格式,可以上传到UCSC浏览。输出文件每列信息分别包含: 1;染色体号 2:peak起始位点 3:结束位点 4:peak name 5:int(-10*log10qvalue) 6 :正负链 7:fold change 8:-log10pvalue 9:-log10qvalue
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...
peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff 和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel 这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。
2.NAME_peaks.narrowPeakBED6+4格式,包含peak位置信息,peak summit, pvalue and qvalue,可以使用UCSC genome browser查看。其中几列信息如下: 5th: integer score for display 7th: fold-change 8th: -log10pvalue 9th: -log10qvalue 10th: relative summit position to peak start 3.NAME_summits.bedBED格式...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。