第二页是cross-correlation分析的结果,示意如下 后缀为xls的文件是peak的输出结果,内容示意如下 #开头的是注释信息,显示了软件调用的具体命令和参数设置,便于核查;其他的行记录了peak的区间信息,这里的起始位置采用的是从1开始计数的方式。 后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间...
NAME_peaks.broadPeakBED6+3格式与narrowPeak类似,只是没有第10列。 summits.bed, narrowPeak, bdg, xls四种输出文件的比较 xls文件 文件包含信息还是比较多的,和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要减1才是bed格式的文件,另外还包含fold_enrichment 和narrowPeak的fold change 对应,-log10pvalue,-log10qval...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs 其中,参数说明如下: ...
peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ q值与峰宽有一定的联系。理想情况下,如果放宽阈值,您将简单地获得更多的峰值,但是使用MACS2放松阈值也会导致更宽的峰值。 Shift 模型参数: -...
后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间和名称,注意bed格式中起始位置从0开始计数,第五列的值为int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列为fold_enrichment,第八列为-log10(pvalue),第九...
后缀为 narrowpeak 的文件是一个 BED 格式的文件,内容示意如 下 前四列代表 peak 区间和名称,注意 bed 格式中起始位置从 0 开 始计数,第五列的值为 int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列 为 fold_enrichment, 第八列为 -log10(pvalue), 第九列为 log10(qvalue),第十列为 peak 的中心,即...
作为表观基因组的工具，MACS2是call peaks强而有力的工具，那么MACS call peak的基本统计学原理是上面呢？大至可以分为3步：1.设置滑动窗口；2.统计peaks在基因组上随机分布的情况；3.统计学检验 包含peak信息：narrowPeak文件：由MACS2的输出文件来看，处理peaks的基本信息以外，如何计算peak的富集倍数...
2.NAME_peaks.narrowPeakBED6+4格式,包含peak位置信息,peak summit, pvalue and qvalue,可以使用UCSC genome browser查看。其中几列信息如下: 5th: integer score for display 7th: fold-change 8th: -log10pvalue 9th: -log10qvalue 10th: relative summit position to peak start 3.NAME_summits.bedBED格式...
peaks <-readPeakFile("peaks.narrowPeak")annotatePeak(peaks, TxDb=txdb) AI代码助手复制代码 8. 完整示例代码 # 质控fastqc *.fastq multiqc .# 比对bowtie2 -x hg19 -Uinput.fastq -Sinput.sam samtools sort -oinput.baminput.sam# peak callingmacs2 callpeak -t ChIP.bam -cinput.bam \ ...
NAME_peaks.narrowPeak NAME_peaks.broadPeak 类似内容和NAME_peaks.xls基本一致,适合用于导入R进行分析。 5th:整数信号值 7th:fold-change 8th:-log10 pvalue 9th:-log10 qvalue 10th:summit距离peak起始位点的距离 NAME_summits.bed:记录每个peak的peak summits,话句话说就是记录极值点的位置。MACS建议用该文件...