后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间和名称,注意bed格式中起始位置从0开始计数,第五列的值为int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列为fold_enrichment,第八列为-log10(pvalue),第九列为-log10(qvalue),第十列为peak的中心,即summit距离peak起始位置的距离,对应...
macs2 predictd-i input.bam 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize的值,就是第一步预测出来的数值,取多个样本的均值即可。官方也给出了推荐值,对于大多数的转录因子chip_seq数据,推荐值为200, 对于大部分组蛋白...
MACS2 callpeak 根据有无 control 数据采用了不同的计算方法,但都是依据泊松分布。 具体原理可以查看原文献:ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ar ,或者别人的解读:blog.csdn.net/BoringFan。 计算公式:λ_{local} = max(λ_{B}G, [λ_{1}k,] λ_{5}k, λ_{10}k) MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak ...
peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distribution with local lambda) Coordinates in XLS is 1-based which is different with BED formatXLS里的坐标和bed格式的坐标还不一样,起始坐标需要减1才与narrowPeak的起始坐标一...
1、narrow peaks format BED6+4格式,列数10列 #我callpeak的时候,是没有加参数,默认为narrow,输出的文件就是narrowpeak文件 在做call peak的时候,有个设置宽峰窄峰的参数,这个有两种判断标准。 第一种常规:组蛋白通常用board,转录因子通常用narrow。narrowpeak相对更容易被检测到 ...
参数解读:或参考 -g 基因组的选择-B 输出bgd文件,下游bigwig文件生成所需-f 双端测序使用BAMPE,单端的话不需要加参数,默认是auto识别,但是识别不了BAMPE-q 使用阈值,根据需要选择 输出文件包括 1 prefix_model.r 2 prefix_peaks.narrowPeak 3 prefix_peaks.xls ...
添加.narrowPeak注释轨道 使用_summits.bed精确定位 5.3 质控指标解读 关键质控参数: -FRiP(Fraction of Reads in Peaks):>1%为合格 -NSC(Normalized Strand Cross-correlation):>1.05 -RSC(Relative Strand Cross-correlation):>0.8 6. 常见问题解决方案 ...
narrow peak相对于broad 或者分散的marks更易被检测到。也有一些混合的结合图谱,如PolII包括narrow和broad信号。 2 MACS2 peaks calling 有不同的方法,MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq,最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点,但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。
chip_peaks.narrowPeak chip_peaks.xls chip_summits.bed model.r是一个可执行的R脚本,通过以下代码可以产生一个PDF的输出文件 Rscript chip_model.r 第一页表示peak邻近区间正负链测序分布,用于评估d这个参数值,示意如下 第二页是cross-correlation分析的结果,示意如下 ...