Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示,比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布,但在结合位点聚集。正负链5‘末端的reads各形成一组合,通过统计学的方法评估这些组合的分布并和对照组比较,确定这些结合位点是否是显著的。 NOTE:ChIP-seq的分析方法可以鉴定两种类型...
Peak Calling,利用计算的方法找到ChIP-seq或ATAC-seq中 reads 富集的基因组区域。 软件使用的小技巧 软件的具体使用不用死记硬背,直接上网查询软件的帮助文档,并将每次使用的代码保存好做好注释。下次再看自己的代码注释即可~养成注释好习惯,造福你我他。 ChIP-Seq 常用分析流程 分析流程大同小异。 Tips:可以看些...
with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam", "--outdir", "ATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2", "--name", "Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak", "-f", "BAMPE", "-g...
专题目录第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同第2篇:原始数据的质控、比对和过滤 学习目标 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 1 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示,比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布,但在...
MACS2的用法，call peaks的参数及输出文件的解读可以参考 MACS2文档学习 。输入文件参数：输出文件参数：peak calling 参数 Shift 模型参数：ATAC-seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下：HBC的深度NGS数据...
在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize的值,就是第一步预测出来的数值,取多个样本的均值即可。官方也给出了推荐值,对于大多数的转录因子chip_seq数据,推荐值为200, 对于大部分组蛋白修饰的chip_seq数据,推荐值为147,命令如下 ...
nf-core/atacseqPublic NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork125 Star199 Code Issues39 Pull requests2 Actions Security Insights Additional navigation options New issue Closed Description ktrns drpatelh commentedon Sep 24, 2019 ...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall ...
Multi-Replica Macs ChIPSeq Wrapper A multi-threaded wrapper for processing multi-replicate, multi-condition ChIPSeq samples Description ChIPSeq and related methods, such as ATACSeq and Cut-and-Run, is increasingly being used not just as a means of discovery ("where is my factor binding?") but...
一、 基本介绍 ※ 峰识别(peak calling)工具包括:MACS2和HOMER(适用于ChIP-seq和ATAC-seq)、HMMRATAC(针对于ATAC-seq...