Signac 单细胞|ATAC-seq Call peak 引言 本文将向您展示如何利用MACS2软件,在单细胞ATAC-seq的基因组数据中识别基因调控区域的峰值。 实战 在使用Signac进行峰值检测之前,您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载...
peaks<-CallPeaks(object=pbmc,group.by="predicted.id") 结果以 GRanges 对象的形式返回,并带有一个附加元数据列,列出了每个峰在其中识别的细胞类型: 要计算每个峰值区域的计数,您可以利用FeatureMatrix()函数来实现。 通过CoveragePlot()函数,我们可以将特定于细胞类型的 MACS2 峰值检测结果与 10x Cellranger 的...
MACS2 callpeak -t pairedEnd.bam -f BAMPE --outdir path/to/output/ --name pairedEndPeakName -g MyGenome R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "pairedEnd.bam", "--format", "BAMPE", "--outdir", "/Documents/ATAC_MACS2...
macs2 进行 Peak Calling 这是非常关键的一步,ATAC-seq 分析的核心结果都要从这里出,使用的是 macs2。 常用参数 代码语言:javascript 复制 macs2[-h][--version]{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}... -f 指定输入文件的...
MACS2 callpeak-tsingleEnd.bam--nomodel--shift37--extsize73--formatBAM-gMyGenome R 代码语言:text 复制 with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "singleEnd.bam", "--nomodel", "--shift", "37", "--extsize", "73", "--format...
macs2\ callpeak\ -t ./sorted/${id}.bam\ -f BAM\ -g 3.6e+8\ -n ./peaks/${id}\ done 完成后每个样本会输出几个文件: NAME_model.r:可视化双峰模型的 R 代码,对双端测序而言,它本身测的就是文库的两端,因此不用建立模型和偏倚,我们只需要对 MACS 设置参数 –nodel 就能略过双峰模型建立的过...
(2)使用MACS2绘制ChIP-seq峰 macs2 callpeak -t ChIP-seq_SRR5179211_Rep1.bam -f BAM -g 1.2e7 -n CS_Rep1 -B -q 0.05 --nomodel --extsize 100 --keep-dup all --call-summits macs2 callpeak -t ChIP-seq_SRR5179212_Rep2.bam -f BAM -g 1.2e7 -n CS_Rep2 -B -q 0.05 --nomod...
MACS2 callpeak -t pairedEnd.bam -f BAMPE --outdir path/to/output/ --name pairedEndPeakName -g MyGenome R with_CondaEnv("ATACseq_analysis",system2(command="macs2",args=c("callpeak","-t","pairedEnd.bam","--format","BAMPE","--outdir","/Documents/ATAC_MACS2_calls/","--name...
# 参数设置可以适当放宽macs2 callpeak-t test.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--SPMR-g hs2>sample.macs2.log# 对peak 按照 -log10(p-value) 排序sort-k8,8nr sample_peaks.narrowPeak>sample_peaks.sort.narrowPeak ...
1、去除线粒体基因的TagAlign格式文件进行shift操作,输入macs2软件去callpeak smooth_window=150# default shiftsize=$(( -$smooth_window/2 )) pval_thresh=0.01 nohup ls *nodup.nomit.srt.name.tagAlign.gz |whilereadid; \ domacs2 callpeak \ ...