Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2) 是用来检测DNA片段富集的软件,尽管当时是针对Chip-seq开发的,但是其非常好的适用于ATAC-seq。现在ATAC-seq主流的call peak软件依然是MACS2。 蛋白或转录因子结合位点附近会有reads富集,MACS2根据一定的统计模型,扫描全基因组,构建双峰模型,结合对照(background)来检测富集...
MACS2 是一种非常流行且标准的 ATAC-seq peaks 识别工具。 MACS2 还发布了一个对应的R包:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/MACSr/inst/doc/MACSr.html(下次学习)。 这次先用bash版本的。 R语言中使用conda...
conda search trim_galore conda install-y sra-tools conda install-y trim-galore samtools bedtools conda install-y deeptools homer meme conda install-y bowtie bowtie2 conda install-c bioconda macs2 conda install-y multiqc conda install-y sambamba # 创建文件夹 mkdir-p~/LH_TMP/ATAC/cd~/LH_TM...
macs2 进行 Peak Calling 这是非常关键的一步,ATAC-seq 分析的核心结果都要从这里出,使用的是 macs2。 常用参数 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 [-h] [--version] {callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refi...
ATAC-seq核心分析:Peak Calling ATAC-seq分析的第二步是识别染色质开放区域,即Peak Calling。许多分析ChIP-seq数据的Peak Calling软件可用于ATAC-seq数据,而ENCODE选择MACS2作为ATAC-seq的标准Peak Calling软件。 与ChIP-seq不同的是,由于Tn5酶切割的随机性和成本原因,...
其实呢,现在的ATAC-seq 数据处理的更完善了,见ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600,差异分析也有专门的R包,比如 Diffbind,有一个2020综述《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis》值得看: MACS2 进行 Peak calleing ...
该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从BROAD网站安装。 》https://www.broadinstitute.org/igv/ MACS2 MACS2没有 R 包,但 MACS2 可在适用于 Linux 或 MacOS 的 Anaco...
研究者使用AtacWorks来训练深度学习模型,从四种细胞类型(B细胞、NK细胞、CD4+和CD8+T细胞)中获取ATAC-seq数据集,并对数据集进行了5,000万reads读取的深度采样,以产生标准化的干净(高覆盖率)数据,使用MACS2(ATAC-seq数据的标准峰调用器)识别每个干净数据集的峰值。然后,对每个干净的数据集进行二次采样,得到多个较...
mac2找peaks 计算一些指标 deeptools可视化 peaks注释 ATAC-seq 背景知识 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构(如人的DNA链完整展开约2m长,经过这样的折叠就变成了纳米级至微米级的染色质结构而可以储存在小小的细胞核)。而...
与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应用。ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools...