m7G MAP-seq通过硼氢化盐将m7G位点还原为碱性位点,通过逆转录直接记录为cDNA突变并测序。另一种是化学裂解介导的检测,如碱性水解和苯胺裂解测序(AlkAniline-Seq)和tRNA还原和切割测序(TRAC-Seq)。AlkAniline-Seq通过苯胺裂解产生5'-磷酸键,用于文库制备。TRAC-Seq在原理上相似,只是前者使用总RNA作为起始材料,而...
并运用蛋白组学分析明确了其作用的关键靶基因,阐明了METTL1介导的m7G-tRNA修饰的通过METTL1-m7G-EGFR/EFEMP1信号轴促进膀胱癌进展的潜在分子机制。景杰生物为该研究提供了蛋白组学分析及基于质谱的靶向蛋白质组定量技术 (PRM) 支持。研究...
图2 结构域的解析 参考文献 [1] Dai Z, Liu H, Liao J, et al. N7-Methylguanosine tRNA modifification enhances oncogenic mRNA translation and promotes intrahepatic cholangiocarcinoma progression. Mol Cell. 2021 Aug 19;81(16):3339-3355.e8....
检测METTL1敲减后m7G修饰水平变化,并通过TRAC-seq分析m7G修饰的单核苷酸分辨率图谱,鉴定含有m7G修饰的tRNA,Northern blotting检测鉴别的tRNA表达水平变化。 多核糖体分析METTL1敲减细胞翻译是否受到调控。 利用RNC-seq鉴别METTL1介导m7G修饰的下游靶标,通过KEGG和GSEA分析METTL1调控基因富集的信号通路Y,Western blotting检测...
检测METTL1敲减后m7G修饰水平变化,并通过TRAC-seq分析m7G修饰的单核苷酸分辨率图谱,鉴定含有m7G修饰的tRNA,Northern blotting检测鉴别的tRNA表达水平变化。 多核糖体分析METTL1敲减细胞翻译是否受到调控。 利用RNC-seq鉴别METTL1介导m7G修饰的下游靶标,通过KEGG和GSEA分析METTL1调控基因富集的信号通路Y,Western blotting检测...
在下文中2,作者就使用TRAC-seq来更好地理解在METTL1/WDR4过表达细胞中驱动恶性转化的分子机制。作者首先发现METTL1在癌症中经常过度表达,并且与较差的生存有关。然后继续研究证明METTL1缺失会导致m7G修饰的tRNA丰度降低,改变细胞周期,抑制致癌作用。反之,METTL1的过表达会导致致癌细胞转化和癌症。从机制上讲,作者发现...
TRAC-seq结果中，翻译效率下调的基因主要富集在细胞应激、脑部发育和mTOR信号通路上，而RNA-seq的结果中又富集到了上调的细胞应激通路，即细胞应激相关基因在转录水平上的上调和翻译水平上的下调（Fig. 5J-O）。此外Wdr4突变导致了内质网应激相关基因转录水平上的上调及该通路中关键分子IRE1和PERK的磷酸化水平上调，而...
2、目前已报道的rnam7g修饰的测序技术,主要有基于化学方法的单核苷酸分辨率的m7g trna还原和断裂测序(m7g trnareduction and cleavage-sequence,trac-seq)技术和m7g-seq,以及基于m7g抗体高通量测序技术,包括:m7g甲基化修饰rna共沉淀测序(m7gmethylated rnaimmunoprecipitation-sequence,m7g merip-seq)和m7g单碱基分辨率紫外光...
检测METTL1敲减后m7G修饰水平变化,并通过TRAC-seq分析m7G修饰的单核苷酸分辨率图谱,鉴定含有m7G修饰的tRNA,Northern blotting检测鉴别的tRNA表达水平变化。 多核糖体分析METTL1敲减细胞翻译是否受到调控。 利用RNC-seq鉴别METTL1介导m7G修饰的下游靶标,通过KEGG和GSEA分析METTL1调控基因富集的信号通路Y,Western blotting检测...
TRAC-seq结果显示,亚致死热处理后,HCC细胞中的tRNA m7G修饰显著上调(图4A、4B)。此外,大多数经m7G修饰的tRNA的表达水平在亚致死热处理后也有所提高,尤其是ThrTGT和LysCTT tRNA(图4C)。翻译预测进一步发现,亚致死热应激后,关键EMT基因SLUG...