随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
MeRIP-Seq (m6A-seq, m1A-seq, m5C-seq, m7G-seq) m6A研究背景 m1A研究背景 m5C研究背景 m7G研究背景 服务特点 实验流程 结果展示 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6...
整体把握m6A甲基化图谱特征:m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析; 筛选具体差异m6A peak和基因:差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的...
检测m6A的实验方法主要是m6A-Seq和MeRIP-Seq,但是这两种方法的分辨率低,新的技术miCLIP-Seq分辨率能够达到单碱基。今天介绍的DeepM6ASeq工具(https://github.com/rreybeyb/DeepM6ASeq)就是基于miCLIP-Seq实验数据构建神经网络模型来实现m6A位点的预测。DeepM6ASeq相比其他m6A预测工具的优势在于它不仅能够预测单碱基m6A情...
MeRIP-seq(m6A-seq)是在全转录组水平上鉴定m6A修饰的常用方法,有以下三种研究思路: 1. 单组学分析揭示m6A的整体信息。在这里,我们可以只通过测一个组学,进行m6A Peak特征分析以及甲基化差异和富集分析,从而探究实验处理对m6A的整体影响。 2. 多组学关联分析。可以结合转录组测序探究RNA转录调控因素对于基因表达及表型...
RNA-seq与基因表达分析:通过RNA-seq分析KRAS突变对基因表达的影响,并结合m6A-seq数据,寻找受KRAS突变影响的m6A修饰基因。 体内实验:通过NSCLC细胞的小鼠皮下移植瘤模型,验证KRAS突变对铂类药物耐药性的影响,并检测抑制m6A修饰(如METTL3抑制剂STM2457)是否能逆转耐药性。
m6A-seq 的数据分析通常侧重于整体分布模式和总体变化趋势，而 m6aclip-seq 则更关注修饰位点的局部特征及其与特定生物学过程的关系。两种技术在数据挖掘的思路和下游实验设计上也存在差异，m6A-seq 更适合于探索 m6A 修饰的普遍规律，而 m6aclip-seq 则更适用于深入研究 m6A 修饰的分子机制及其具体功能...
通过细胞学分析、转录组分析、m6A-seq分析等方法研究OsALKBH9的功能和作用机制。 利用体外去甲基化实验和m6A-IP-qPCR等技术验证OsALKBH9的去甲基化活性。 结果图形 (1)敲除OsALKBH9导致水稻雄性不育,且OsALKBH9在雄性育性中的调控依赖于其m6A去甲基化酶活性 ...
Arraystar解决方案:与以m6A抗体免疫共沉淀为基础的MeRIP或miCLIP等技术不同,芯片利用了RNA酶MazF对m6A的敏感性,提供了一种不依赖于抗体的系统性检测m6A的方法。 有限的分辨率 经典的m6A-seq技术可将m6A定位到三碱基至数十碱基的序列窗口内[13, 3, 4, 5]。一些改进方法(比如miCLIP-seq)通过将m6A抗体和其结合的RN...
为了研究m6A在基因表达调控中的作用,科学家们通常会进行m6A测序实验。其中的一种方法就是m6A-甲基化RNA测序(m6A-seq)。 m6A-seq实验是通过测序技术来研究RNA中m6A修饰的分布和定量。通过这种方法,可以精确地确定RNA分子上存在m6A修饰的位置和数量,从而揭示m6A在转录调控中的作用。下面将介绍m6A-seq实验的方法步骤,并...