m6A-REF-Seq: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 l MeRIP-qPCR,m6A dot blot assay Ø MeRIP-qPCR:这是一种结合了甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)和定量PCR(qPCR)的技术,用于验证目标基因上特定修饰位点的修饰水平。通过比较免疫沉淀样品(IP)和未处理样品(Input)之间的qPCR信号,可以得到修饰水平的百分比,从而评估m6A...
MAZTER-Seq: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 RNAmod: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 FundMdeep-m6A: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 dART-Seq: 一种高通量、单一位点的m6A检测方法。 RNA Sequencing: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 m6A-REF-Seq: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 l MeRIP...
近年来陆续开发的m6A测序方法(如Mazter-seq, m6A-REF-seq, DART-seq, m6A-SEAL, m6A-label-seq等)也只是部分解决了上述提及的局限性。2022年3月15日,复旦大学生物医学研究院胡璐璐研究员与芝加哥大学何川教授、美国希望之城陈建军教授和芝加哥大学陈梦洁教授合作在Nature Biotechnology杂志上发表了题为m6A RNA modif...
如果RNA上存在m6A修饰，则相应的cDNA上会出现高度特异的突变或截短，帮助定位修饰位点。我国学者最近开发了一种基于m6A敏感性RNA核糖核酸酶的测序技术（m6A-REF-seq）[22]，通过筛选出能特异区分ACA基序的RNA内切酶MazF，实现全转录组内以单碱基分辨率量化m6A水平。该方法不依赖于m6A抗体，大大降低了样本量，检测出的...
m6A 敏感的 RNA 内切核酸酶促进测序(m6AREF-seq)是一种不依赖抗体的方法,是基于特定内切核酸酶的 RNA 高通量测序技术,可用于精确地定位和分析 RNA 中的 m6A 修饰。MazF 是一种内切核酸酶,能够识别并切割未被 m6A 甲基化修饰改变的 ACA 基序,也能在单碱基水平上识别 m6A 位点并进行切割。MazF 偶联 RNA 测...
基于酶法:MAZTER-seq和m6A-REF-seq依赖MazF核糖核酸内切酶检测m6A位点,由于该酶只检测ACA内的m6A位点,因此具有序列偏好性缺乏检测灵敏度。化学法检测m6A:DART-seq、m6A-SEAL-seq和m6A-label-seq为m6A检测提供了新的选择,但它们仍然缺乏化学计量信息。 2022年10月27日,北京大学王晶与伊成器课题组联合在Nature ...
As the most prevailing modification on eukaryotic mRNA, m6A is characterized to play a vital role in various cellular activities. However, limitations of the detection method impede functional studies of m6A. Here we introduce m6A-REF-seq, a powerful and straightforward method to identify m6A at ...
为验证m6A-REF-seq的准确性和可靠性,研究团队利用独立方法验证了单个m6A位点的甲基化状态和丰度,如图3。不同方法检测结果的高度一致性证明m6A-REF-seq具有高效率和高度可靠性、准确性。利用qPCR,研究人员证实m6A-REF-seq方法可以量化特定m6A位点的甲基化水平,如图4。此外,研究人员将m6A-REF-seq应用于人、小鼠和大鼠...
近年来陆续开发的m6A测序方法(如Mazter-seq, m6A-REF-seq, DART-seq, m6A-SEAL, m6A-label-seq等)也只是部分解决了上述提及的局限性。2022年3月15日,复旦大学生物医学研究院胡璐璐研究员与芝加哥大学何川教授、美国希望之城陈建军教授和芝加哥大学陈梦洁教授合作在Nature Biotechnology杂志上发表了题为m6A RNA ...
自从2012年第一个全转录组m6A鉴定方法发表以来，各种各样的m6A鉴定分析方法已经被开发，包括：（1）基于m6A抗体的，比如PA-m6A-seq、miCLIP、m6A-CLIP、m6A-LAIC-seq；（2）不依赖于抗体的，比如DART-seq、MAZTER-seq、m6A-REF-seq和m6A-SEAL。在这些方法中，DART-seq要求的RNA起始量要求是相对比较低的，为10 ...