基本原理是通过抗体-RNA光交联位点的碱基逆转录突变信息或者特异性蛋白-RNA结合区域附近碱基的编辑信息,来判断突变点或编辑点近邻的腺嘌呤为m6A,这往往会在真实位点鉴定(尤其是簇位点)上产生偏差。m6A-REF-seq方法是一个好的直接方法,但是当前的内切酶只对m6ACA序列响应,还有大部分其它甲基化基序序列未被测出。因此,...
4. 免疫亲和质谱法（LC-MS/MS)5. 酶切免疫亲和层析法（m6A-REF-seq）6. 比色法（Colorimetric...
这两 种方法原理基本一致,不仅可以从头检测 m6A 位点, 对甲基化进行定量,还可以对亚细胞,不同类型细 胞等的 m6A 进行定量.骆观正研究团队的 m6A-REF- seq 方法侧重研究 m6A 修饰位点定性的准确性,而 Schwartz 团队的 MAZTER-seq 推动 m6A 研究进入定 254 生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2021,Vol.37,No.4...
近年来陆续开发的m6A测序方法(如Mazter-seq, m6A-REF-seq, DART-seq, m6A-SEAL, m6A-label-seq等)也只是部分解决了上述提及的局限性。 2022年3月15日,复旦大学生物医学研究院胡璐璐研究员与芝加哥大学何川教授、美国希望之城陈建军教授和芝加哥大学陈梦洁教授合作在Nature Biotechnology杂志上发表了题为m6A RNA mod...
m6 A-REF-SEQ提供了用于转录水平的单碱基甲基化鉴定。新原理消除了对m 6 A特异性抗体的需求,使其成为适于小型和珍贵样品的应用。这种高效便捷的方法的特点将在很大程度上扩大m 6 A研究的范围。 Cell Stem Cell: 靶向RNA m6A受体YTHDF2破坏急性髓系白血病的肿瘤干细胞 ...
到目前为止,已经发展出了几种抗体依赖的(如MeRIP-seq和miCLIP)和非抗体依赖的(如MAZTER-seq、m6A-REF-seq和DART-seq)测序方法,这些技术使得在不同细胞环境中高分辨率地检测m6A表位和修饰组成为现实。这种基于NGS方法的出现促进了我们对这一表观遗传标记的理解。
鉴于抗体依赖的m6A 检测技术存在诸多缺陷, 2个科研团队于2019年先 后报道了一种不依赖于抗体并可在单碱基分辨率 检测m6A的方法: m6A-REF-seq (m6A-sensitive RNA- endoribonuclease-facilitated sequencing) (Zhang 等 2019b)和MAZTER-seq (Garcia-campos等2019) (表 2).这两种方法均依赖RNA序列敏感性核酸内切 ...
例如MAZTER -seq和m6A- REF -seq在MazF核酸内切酶的基础上检测m6A位点,但它们缺乏灵敏度,因为该酶只检测ACA基序中的m6A位点。不仅如此,核糖核酸内切酶不能在未修饰的ACA位点实现100%的切割,从而影响了m6A检测的准确性。DART-seq, ...
自从2012年第一个全转录组m6A鉴定方法发表以来,各种各样的m6A鉴定分析方法已经被开发,包括:(1)基于m6A抗体的,比如PA-m6A-seq、miCLIP、m6A-CLIP、m6A-LAIC-seq;(2)不依赖于抗体的,比如DART-seq、MAZTER-seq、m6A-REF-seq和m6A-SEAL。在这些方法中,DART-seq要求的RNA起始量要求是相对比较低的,为10 ng 总RNA...