MAZTER-Seq: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 RNAmod: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 FundMdeep-m6A: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 dART-Seq: 一种高通量、单一位点的m6A检测方法。 RNA Sequencing: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 m6A-REF-Seq: 一种用于检测m6A位点的
m6A- ref - seq (m6A敏感RNA-核糖核酸内酶促进测序): 使用甲基化敏感RNA核糖核酸内酶MazF来区分m6A和未修饰的腺苷。该方法不仅方便,而且定量,因为可以计算ACA基序(即未甲基化位点)测序reads与ACA内部序列(即m6A修饰位点)测序reads的比例。(ACA序列仅占规范rach基序的16%,MAFz消化不能覆盖大多数假定的m6A位点。发...
iRNA-m6A是基于SVM算法建立的m6A/non-m6A分类器,该分类器的建立过程使用m6A-REF-seq单碱基分辨的m6A数据集,正样本是长度为41nt的以m6A为中心的片段,负样本使用长度为41nt的non-m6A为中心的片段,样品来源是人、小鼠、大鼠的脑、肝、肾多组织,预测考虑到了特异性,在页面中也提供了相应的选项,用户可以进行相应的...
自从2012年第一个全转录组m6A鉴定方法发表以来,各种各样的m6A鉴定分析方法已经被开发,包括:(1)基于m6A抗体的,比如PA-m6A-seq、miCLIP、m6A-CLIP、m6A-LAIC-seq;(2)不依赖于抗体的,比如DART-seq、MAZTER-seq、m6A-REF-seq和m6A-SEAL。在这些方法中,DART-seq要求的RNA起始量要求是相对比较低的,为10 ng 总RNA...
到目前为止,已经发展出了几种抗体依赖的(如MeRIP-seq和miCLIP)和非抗体依赖的(如MAZTER-seq、m6A-REF-seq和DART-seq)测序方法,这些技术使得在不同细胞环境中高分辨率地检测m6A表位和修饰组成为现实。这种基于NGS方法的出现促进了我们对这一表观遗传标记的理解。
来自m6ACE-seq 和 m6A-CLIP-seq 等检测的 IP 数据依赖于抗体的使用(Schwartz 等人,2013 年;Ke 等人,2015 年;Linder 等人,2015 年)。然而,该策略仅提供每个参考转录组位置的修饰比例,即位点水平的修饰,而不是每个单独读取的修饰状态(读取水平)。m6Anet(Hendra et al. 2022) 采用多实例学习 (Amores 2013) ...
跟着Nature Medicine学MeDIP-seq数据分析,数据和代码都是公开,这个2G的压缩包文件,足以学习3个月,写60篇教程。同时也分享了全套MeRIP-seq文章图表复现代码,其实MeRIP-seq其实就是RNA水平的,又叫做m6a测序。 下面是MeRIP-seq 图表复现笔记 在上一期:m6A图文复现02-数据下载和质控 ...
m6A-REF-Seq: 一种用于检测m6A位点的高通量方法。 l MeRIP-qPCR,m6A dot blot assay Ø MeRIP-qPCR:这是一种结合了甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)和定量PCR(qPCR)的技术,用于验证目标基因上特定修饰位点的修饰水平。通过比较免疫沉淀样品(IP)和未处理样品(Input)之间的qPCR信号,可以得到修饰水平的百分比,从而评估m6A...
m6A- ref - seq (m6A敏感RNA-核糖核酸内酶促进测序): 使用甲基化敏感RNA核糖核酸内酶MazF来区分m6A和未修饰的腺苷。该方法不仅方便,而且定量,因为可以计算ACA基序(即未甲基化位点)测序reads与ACA内部序列(即m6A修饰位点)测序reads的比例。(ACA序列仅占规范rach基序的16%,MAFz消化不能覆盖大多数假定的m6A位点。发...