-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由度n=2-1=1。
highlight是对感兴趣的甲基化位点进行高亮; logp为设置是否对Pvalue去log10对数化; annotatePval为注释低于指定p-value阈值的甲基化位点进行注释; annotateTop为是否对只低于指定p-value阈值甲基化位点进行注释。 参数讲解完毕之后,我们再看看我们的数据需要有哪些改变吧。 另外我们的CHR这一列必须是数值型变量,所以如果...
首先将之前于DAVID数据库中保存的结果导入到Excel中,结果如图3所示。选择绘图所需要的数据(GO Term和p-value两列数据),并计算-log10(p-value)的值,结果如图4所示。选中GO Term和-log10(p-value)这两列数据,利用Excel上自带的图表工具(横置柱状图)绘图,操作过程和结果如图5和图6所示。如果图中Bar(柱子)值是...
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
Volcano plot of - log10 (P-value) against delta beta value, representing the methylation difference between right coronary arteries in the area of advanced atherosclerotic plaques (CAP...
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
格式如下: xlab(expression("-log"["2"]*"FC"))+ ylab(expression("-log"["10"]*"P Value"))+ 注意expression里面要用*把文本隔开,另外,上标用^,下标用[] 简单画一个火山图 library(ggplot2)library(openxlsx)library(dplyr)library(ggrepel)#测试数据set.seed(2022)data<-data.frame(logFC=rnorm(100...
P.value是统计学检验变量,代表差异显著性,一般p-value小于0.05代表具有显著性差异,但可根据具体情况适当调整。 LogFC,FC为差异表达基因上调倍数,然后取log,logFC一般表达相差2倍以上是有意义的,放宽要求1.5倍或者1.2倍也可以接受。 t/B大家自行忽略,我就没太看过。有adj.P.val和P.value同时并存时,前者更具有参...
在上面这个图中,横轴是log2(FC),纵轴是-log10(P value),每个点代表一个检测物,若研究代谢物升高或下降,可以0为基线,正值为红色(上升),负值为蓝色(下降);当然,如果是基因测序的话可选X=1和X=-1两条线做参考。 三条参考线,(1). X=-1 左侧的点表示下调2倍以上;(2). X=1 右侧的点表示上调2倍以上...
百度试题 结果1 题目火山图的纵坐标表示( ) A. log2 Fold Change B. Fold Change C. –(P-value) D. –log10(P-value) 相关知识点: 试题来源: 解析 D 反馈 收藏