-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由度n=2-1=1。
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
选择绘图所需要的数据(GO Term和p-value两列数据),并计算-log10(p-value)的值,结果如图4所示。选中GO Term和-log10(p-value)这两列数据,利用Excel上自带的图表工具(横置柱状图)绘图,操作过程和结果如图5和图6所示。如果图中Bar(柱子)值是按照由小到大的顺序排列,为了强调比值较高的GO Term,可以将原始数据...
-log10(pval)是指将原始的p值取负对数的结果,常用于在统计学中衡量结果的可信度。通常情况下,p值越小,表示结果与零假设的偏离程度越大,即效应越显著。 3. -log10(pval)转化为p值的公式 在进行孟德尔随机化分析时,我们常常需要将-log10(pval)转化为p值。转化的公式如下: p值 = 10^(-(-log10(pval))...
logp为设置是否对Pvalue去log10对数化; annotatePval为注释低于指定p-value阈值的甲基化位点进行注释; annotateTop为是否对只低于指定p-value阈值甲基化位点进行注释。 参数讲解完毕之后,我们再看看我们的数据需要有哪些改变吧。 另外我们的CHR这一列必须是数值型变量,所以如果我们有X、Y染色体的信息,我们还需要进行转化...
在上面这个图中,横轴是log2(FC),纵轴是-log10(P value),每个点代表一个检测物,若研究代谢物升高或下降,可以0为基线,正值为红色(上升),负值为蓝色(下降);当然,如果是基因测序的话可选X=1和X=-1两条线做参考。 三条参考线,(1). X=-1 左侧的点表示下调2倍以上;(2). X=1 右侧的点表示上调2倍以上...
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
纵坐标-log10(P.value),P.value取对数,如果纵坐标为2,P值即为0.01,如果纵坐标为1,P值即为0.1。p值越小越好。 除了火山图,还会有聚类图。 聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。 如上图所示的聚类图中,横坐标代表样本聚类,一列代表一个样本,聚类基于样本间基因表达的相似性,样本间基因表达越接近,靠...
(P.Value),color=color,size=abs(logFC)))+# 横向水平参考线:geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype="dashed",color="#999999")+# 纵向垂直参考线:geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype="dashed",color="#999999")+# 散点图:geom_point(data=data%>%filter(label==""),aes(x=log...