-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由度n=2-1=1。
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
-log10(pval)是指将原始的p值取负对数的结果,常用于在统计学中衡量结果的可信度。通常情况下,p值越小,表示结果与零假设的偏离程度越大,即效应越显著。 3. -log10(pval)转化为p值的公式 在进行孟德尔随机化分析时,我们常常需要将-log10(pval)转化为p值。转化的公式如下: p值 = 10^(-(-log10(pval))...
选择绘图所需要的数据(GO Term和p-value两列数据),并计算-log10(p-value)的值,结果如图4所示。选中GO Term和-log10(p-value)这两列数据,利用Excel上自带的图表工具(横置柱状图)绘图,操作过程和结果如图5和图6所示。如果图中Bar(柱子)值是按照由小到大的顺序排列,为了强调比值较高的GO Term,可以将原始数据...
logp为设置是否对Pvalue去log10对数化; annotatePval为注释低于指定p-value阈值的甲基化位点进行注释; annotateTop为是否对只低于指定p-value阈值甲基化位点进行注释。 参数讲解完毕之后,我们再看看我们的数据需要有哪些改变吧。 另外我们的CHR这一列必须是数值型变量,所以如果我们有X、Y染色体的信息,我们还需要进行转化...
-log10（0.05）等于1.30103，P值越小表示越显著.进行-log10转化后，转化值越大表示差异越显著，如-log10等于3（-log10(0.01)等于2。-log10(0.05)等于1.30。
在上述代码中,我们首先使用log()函数将数据集中的数据转换为以log为底数的值。然后,我们使用pnorm()函数计算转换后的值的P值。mean参数和sd参数分别表示以log为底数的数据集的均值和标准差。 最后,我们可以将计算得到的以log为底数的P值打印出来,或者根据需求进行进一步的处理。
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
-log10(Pvalue)为火山图的纵坐标,意义如上图。一般P<0.01,-log10(0.01)=2,一般取>2为显著差异 image.png 主成分分析PCA 简单的了解内容 主成分分析,旨在利用降维的思想,把多指标转化为少数几个综合指标(即主成分)。 举个例子:iris数据集里,每1列代表一个指标,4列就是4个指标,如果不进行降维分析的化,我...