(deg.data) # 对差异FDR进行log10转换 deg.data$logQ <- -log10(deg.data$FDR) # 绘制基本热图 ggscatter(deg.data, x = "log2FC", y = "logQ") + theme_base() # 新加一列Group deg.data$Group = "normal" # 将adj.P.Val小于0.05,logFC大于2 # 将adj.P.Val小于0.05,logFC小于2的基因...
-log10 p value-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由...
当我们拿到基因表达的P值和倍数后,为了用火山图展示结果,一般需要把倍数进行Log2的转化,比如某基因在实验组表达水平是对照组的4倍,log2(4)=2,同样的如果是1/4,也就是0.25,转换后的结果就是-2 同样的道理,对P值进行-log10的转化,-log10(0.05)约等于1.30103,由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P ...
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
#转换为因子,指定绘图顺序; df$'-log10(pvalue)' <- -log10(df$pvalue)#新增-log10p列 df$group <- factor(df$group, levels = c("up","down","none")) 2. 火山图绘制 #自定义颜色: mycol<- c("#EB4232","#2DB2EB","#d8d8d8") ...
1、首先打开Windows的Office excel软件。2、输入数据，将数据横排输入，如图所示，然后点击顶栏的“数据”选项卡。3、在下方的“ 管理 ”选项中，选择”excel加载项“。4、在弹出的”加载宏“，界面里，勾选”分析工具库“，点击确定。5、接下来，点击”数据分析“选项卡。6、在方差分析里面选择”无重复...
第一步,把FC值进行Log2的转化,比如某代谢物质等在实验组是对照组的4倍,log2(4)=2,同样的如果是0.25,转换后的结果就是-2。 【注:Excel中的转换公式为:=log(number,base),其中number为真数,即excel中的格子位置(如A1),base为底数,此处为2,当然也可以为10,在后面P值转换中会用到,在转换的格子中可以写...
选择绘图所需要的数据(GO Term和p-value两列数据),并计算-log10(p-value)的值,结果如图4所示。选中GO Term和-log10(p-value)这两列数据,利用Excel上自带的图表工具(横置柱状图)绘图,操作过程和结果如图5和图6所示。如果图中Bar(柱子)值是按照由小到大的顺序排列,为了强调比值较高的GO Term,可以将原始数据...
1 1、首先打开Windows的Office excel软件 2 2、输入数据，请将数据横排输入，如图所示，然后点击顶栏的“数据”选项卡，观察左上角是否有“数据分析“这个功能模块。3 3、显示“数据分析“选项卡：单击左上角的office图表，点击”excel选项 ”，在弹框中，选择“ 加载项 ”，在下方的“ 管理 ”选项中，选择”...