highlight是对感兴趣的甲基化位点进行高亮; logp为设置是否对Pvalue去log10对数化; annotatePval为注释低于指定p-value阈值的甲基化位点进行注释; annotateTop为是否对只低于指定p-value阈值甲基化位点进行注释。 参数讲解完毕之后,我们再看看我们的数据需要有哪些改变吧。 另外我们的CHR这一列必须是数值型变量,所以如果...
-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由度n=2-1=1。
首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
(P.Value),color=color,size=abs(logFC)))+# 横向水平参考线:geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype="dashed",color="#999999")+# 纵向垂直参考线:geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype="dashed",color="#999999")+# 散点图:geom_point(data=data%>%filter(label==""),aes(x=log...
Volcano plot of - log10 (P-value) against delta beta value, representing the methylation difference between right coronary arteries in the area of advanced atherosclerotic plaques (CAP...
P.value是统计学检验变量,代表差异显著性,一般p-value小于0.05代表具有显著性差异,但可根据具体情况适当调整。 LogFC,FC为差异表达基因上调倍数,然后取log,logFC一般表达相差2倍以上是有意义的,放宽要求1.5倍或者1.2倍也可以接受。 t/B大家自行忽略,我就没太看过。有adj.P.val和P.value同时并存时,前者更具有参...
第二步,对P值进行-log10的转化。公式为=-LOG(B1,10)。-log10(0.05)约等于1.30103,由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异约显著。 比如-log10(0.001)=3;-log10(0.01)=2;-log10(0.05)=1.30。 在上面这个图中,横轴是log2(FC),纵轴是-log10(P value),每个点...
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
-log10(Pvalue)为火山图的纵坐标,意义如上图。一般P<0.01,-log10(0.01)=2,一般取>2为显著差异 image.png 主成分分析PCA 简单的了解内容 主成分分析,旨在利用降维的思想,把多指标转化为少数几个综合指标(即主成分)。 举个例子:iris数据集里,每1列代表一个指标,4列就是4个指标,如果不进行降维分析的化,我...