P值越小,-log10(P value)越大,差异越显著 logFC:实验组/对照组表达量差异倍数的log值。 logFC>0,基因表达量上调 logFC<0,基因表达量下调 上下调基因需要结合P值 上调基因需要结合两个标准——p和logFC,比如:logFC>1,P<0.01 - 3. 火山图——横坐标logFC,纵坐标-log10(P Value) - 4. 主成分分析...
首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
-log10(0.05)约等于1.30103,由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异约显著。 比如-log10(0.001)=3;-log10(0.01)=2;-log10(0.05)=1.30。 在上面这个图中,横轴是log2(FC),纵轴是-log10(P value),每个点代表一个检测物,若研究代谢物升高或下降,可以0为基线,正值...
-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由度n=2-1=1。
纵坐标用-log10p-value表示,对P值进行-log10的转化。转化后,值越大就表示差异越显著。 数据格式 绘制 setwd(".../data")#设置目标路径,自己修改library(RColorBrewer)#配色用 df <- read.csv("df.csv",row.names = 1) #导入数据,第一列作为行名 ...
-log10(pval)是指将原始的p值取负对数的结果,常用于在统计学中衡量结果的可信度。通常情况下,p值越小,表示结果与零假设的偏离程度越大,即效应越显著。 3. -log10(pval)转化为p值的公式 在进行孟德尔随机化分析时,我们常常需要将-log10(pval)转化为p值。转化的公式如下: p值 = 10^(-(-log10(pval))...
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
纵坐标-log10(P.value),P.value取对数,如果纵坐标为2,P值即为0.01,如果纵坐标为1,P值即为0.1。p值越小越好。 除了火山图,还会有聚类图。 聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。 如上图所示的聚类图中,横坐标代表样本聚类,一列代表一个样本,聚类基于样本间基因表达的相似性,样本间基因表达越接近,靠...
-log10（0.05）等于1.30103，P值越小表示越显著.进行-log10转化后，转化值越大表示差异越显著，如-log10等于3（-log10(0.01)等于2。-log10(0.05)等于1.30。