-log10（0.05）等于1.30103，P值越小表示越显著.进行-log10转化后，转化值越大表示差异越显著，如-log10等于3（-log10(0.01)等于2。-log10(0.05)等于1.30。
-log10(pval)是指将原始的p值取负对数的结果,常用于在统计学中衡量结果的可信度。通常情况下,p值越小,表示结果与零假设的偏离程度越大,即效应越显著。 3. -log10(pval)转化为p值的公式 在进行孟德尔随机化分析时,我们常常需要将-log10(pval)转化为p值。转化的公式如下: p值 = 10^(-(-log10(pval))...
标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)>=2.0作为标准。 当我们拿到基因表达的P值和Fold Change后，为了用火山图展示结果， 一般需要把倍数进行Log2的转化 ，比如某基因在实验组表达水平是对照组的4倍，log2（4...
adjusted p-value:即经过统计学方法校正后的p-value,由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等,所以在一些文章中,我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著,但直接用adjusted p-value画图的话点会集中在底部不美观,而-log 10 (adjusted p-value)转换后正好是反了过来,数值越大越...
这篇文章可以说是《怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性》的延续。上次绘制了下图：...
首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
北方麟 硕士 2 取P值干嘛,logP画火山图不香吗,就没看见几个从logP取P值的 5楼2021-07-14 11:28 收起回复 alter 院长 9 两边同时取10的指数幂 来自iPhone客户端6楼2023-08-23 10:26 回复 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息...
1、左侧检验P值是当μ=μ0时,检验统计量小于或等于根据实际观测样本数据计算得到的检验统计量值的概率 2、右侧检验P值是当μ=μ0时,检验统计量大于或等于根据实际观测样本数据计算约早巴持秋案鱼沙必希得到的检验统计量值的概率 3、双静妒倒侧检验P值是当μ=μ0时,检验统计量大于或等于根据实际观测样本数据...
1、左侧检验P值是当μ=μ0时,检验统计量小于或等于根据实际观测样本数据计算得到的检验统计量值的概率 2、右侧检验P值是当μ=μ0时,检验统计量大于或等于根据实际观测样本数据计算得到的检验统计量值的概率 3、双侧检验P值是当μ=μ0时,检验统计量大于或等于根据实际观测样本数据计算得到的检验统计量值的概率P...
我想使用scale_y_log10(),因为其中一个测量值有很大的扩展。但是,将scale_y_log10()添加到代码会影响p-value。 Sampledata: sampledata <- structure(list(ID = c(1, 2, 3, 4, 5), Measure1 = c(10, 10, 50, 0, 100), Measure2 = c(5, 3, 40, 30, 20), timepoint = c(1, 1,1,...