空间转录组|Load10X_Spatial函数修改适配多形式数据 + 空转标准流程在空间转录组|数据读入,标准数据形式外,还有哪些"天残地缺"可以读取提到了多种形式的数据读取,在原函数Load10X_Spatial的基础上进行了 “简陋”的修改,添加一些判断使之可以读取上文提到的多种数据形式。 后台回复 “函数” 既可以获取Load10X_Spati...
data.dir=".\\outs_noh5\\"T1<-Load10X_Spatial_change(data.dir=data.dir,filename="filtered_feature_bc_matrix")for(iincolnames((T1@images$slice1@coordinates))){T1@images$slice1@coordinates[[i]]<-as.integer(T1@images$slice1@coordinates[[i]])}p1<-SpatialDimPlot(T1,alpha=0)p2<-SpatialFe...
data.dir = ".\\outs_onlyhires_h5\\"T2 <- Load10X_Spatial_change(data.dir = data.dir,filename = "filtered_feature_bc_matrix.h5",#slice = "sli",image.name = "tissue_hires_image.png")for (i in colnames((T2@images[[1]]@coordinates))) {T2@images[[1]]@coordinates[[i]] <- as...
下图是来源于Seurat官网(https:///seurat/articles/seurat5_spatial_vignette.html#gene-expression-visualization)的比较结果。 T0 <- SCTransform(T0, assay = "Spatial", verbose = FALSE) 2,基因可视化 空转的可视化函数扩充了SpatialFeaturePlot 和 SpatialDimPlot (以空转切片为背景) ,相较于单细胞的FeaturePlot,...
后台回复 “函数” 既可以获取Load10X_Spatial_change.R和 测试数据文件。第二部分为空转的Seurat标准分析流程,重点介绍了和单细胞转录组的差异。 一Load10X_Spatial_change函数测试 加载R包和函数,然后使用不用场景进行测试。 library(Seurat)library(jsonlite)library(png)library(tidyverse)library(ggpubr)library(...