在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coeffici...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
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LncRNA:lncRNA名字 mRNA:mRNA名字 r:pearson相关系数 pvalue:p值 flag:+:正相关,-:负相关 6.过滤结果 下载结果后,使用excel的筛选功能进行过滤,这里以p<0.05,|r|>=0.4的lncRNA-mRNA对绘制共表达网络(带header共28行)。 图9.相关系数过滤 图10.P值过滤 ...
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