fastq-dump --split-files SRR1234567.sra 这会生成SRR1234567_1.fastq文件(如果是单端测序的话)。--split-files参数是可选的,但在此场景下不会产生影响,因为单端测序只会有一个文件。 双端测序数据: bash fastq-dump --split-files SRR1234567.sra 这会生成两个文件:SRR1234567_1.fastq和SRR1234567_2....
#如果是单端测序文件就只需要fastq-dump命令将sra文件转换为fastq测序文件。 $ fastq-dump SRR10485695.sra #如果是双端测序文件转换,需要加入--split-e参数,将.fastq测序文件转换为*_1.fastq和*_2.fastq。 $ fastq-dump --split-e SRR10485695.sra #转换为fastq文件后需要压缩 $ gzip *.fastq 2.数据处理 ...
2.使用Miniconda安装fastqc conda install fastqc 3.下载测试数据 sra toolkit:Linux009 Miniconda安装生信软件 以Miseq测序数据为例(数据量小,方便测试) image.png nohup prefetchSRR11429517>/dev/null2>/dev/null ##将下载进程放入后台运行 下载完成的SRA数据需要使用fastq-dump命令转化为fastq格式 fastq-dump SRR11...
(1)mkdir analysis/read_aln新建一个储存分析结果的文件夹,在此文件夹下hisat2 (2)文件SRR1916154.1.fastq所在路径:~/data/yeastproject/data/RNAseqDATA (3)index所在路径:~/data/yeastsqence 准备好之后,执行命令: hisat2-x~/data/yeastsqence/yeast_ref#index的路径# -U ~/data/yeastproject/data/RNAs...
今天给大家介绍一个很好用的小工具ParaFly,只需要很简单的操作就可以让linux上的任务并行化。 ?...可以看出必须参数(Required)只有2个,说明这个工具使用起来非常简单。...简单举个例子: fastq-dump拆分三个SRA文件,可以把这三条命令写到fastq_dump.txt文件里面: $ cat fastq_dump.txtfastq-dump --split-......
7. source ~/.bashrc 8. 使用命令的help确认安装成功:fastq-dump --help发布于 2023-05-08 02:37・IP 属地湖南 Linux Linux 入门 Xshell(软件) 赞同添加评论 分享喜欢收藏申请转载 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧 推荐阅读 CentOS下tar包(源码包)和rpm包...
/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i Done 这个脚本是把当前目录下所有的NCBI下载的sra文件都加压开来成测序fastq格式文件 有这些数据,分布在不同的目录,如果是写命令一个个文件处理,很麻烦,如果有几百个那就更麻烦了,所以需要用shell脚本 ...
fastq-dump *.sra 二、数据质量过滤 01 检测数据质量 fastqc生成质控报告 fastqc *.fastq multiqc将各个样本的质控报告整合为一个 multiqc *.zip 02 原始数据修剪 《原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练》中是双端测序,我以为自己分析的是单端测序,所以对代码稍作了修改,也不知道改得对不对。
fastq-dump --help which prefetch # trim-galore trim_galore --help # hisat2 hisat2 -h # subread featureCounts # multiqc multiqc --help # samtools samtools which samtools # salmon salmon # fastp
下载tools https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/,linux版本,下载解压后可以直接使用,添加个环境变量即可。 命令: 1fastq-dump.2.3.5.2 -A SRR*.sra 5、完成! my test command: 1ascp -i /share/home/jialj/.aspera/connect/etc/asper...