2.使用Miniconda安装fastqc conda install fastqc 3.下载测试数据 sra toolkit:Linux009 Miniconda安装生信软件 以Miseq测序数据为例(数据量小,方便测试) image.png nohup prefetchSRR11429517>/dev/null2>/dev/null ##将下载进程放入后台运行 下载完成的SRA数据需要使用fastq-dump命令转化为fastq格式 fastq-dump SRR11...
fastq-dump --split-files SRR1234567.sra 这会生成SRR1234567_1.fastq文件(如果是单端测序的话)。--split-files参数是可选的,但在此场景下不会产生影响,因为单端测序只会有一个文件。 双端测序数据: bash fastq-dump --split-files SRR1234567.sra 这会生成两个文件:SRR1234567_1.fastq和SRR1234567_2....
prefetch、fasterq-dump、fastq-dump wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.3/sratoolkit.2.11.3-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.2.11.3-centos_linux64.tar.gz./vdb-config--interactive#下载数据可远程连接ln-s~/biosoft/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64/bin/prefetch ./l...
二、SRA-fastq格式转换 (1) 基于Linux系统 请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据执行SRA Toolkit安装,或按下述方法执行安装。 # apt工具安装SRA Toolkit,提示“Configuring med-config”直接回车继续安装即可 sudo apt install sra-toolkit # 查看fastq-dump插件版本信息,安装成功 fastq-dump -V # 查看fa...
7. source ~/.bashrc 8. 使用命令的help确认安装成功:fastq-dump --help发布于 2023-05-08 02:37・IP 属地湖南 Linux Linux 入门 Xshell(软件) 赞同添加评论 分享喜欢收藏申请转载 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧 推荐阅读 CentOS下tar包(源码包)和rpm包...
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...
# 可以一次安装多个软件 conda install-y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ## 不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 # sra-tools prefetch--help fastq-dump--help which prefetch # trim-galore trim_galore--help ...
下载tools https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/,linux版本,下载解压后可以直接使用,添加个环境变量即可。 命令: 1fastq-dump.2.3.5.2 -A SRR*.sra 5、完成! my test command: 1ascp -i /share/home/jialj/.aspera/connect/etc/asper...
三.sra数据转换为fastq格式,代码如下 F:\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\fastq-dump.exe --split-e F:\ERR220347\ERR220347.sra 准换过程中出现了报错,应该是我的磁盘不够用了,于是可以转换成为fastq的压缩包形式,速度大概是半个小时叭. 转换成功!后面就要上传到Linux里面啦。
这是最快的方法，因为不需要使用fasterq-dump。 ena-ftp 通过curl从ENA下载.fastq.gz文件，之后可以...