over 1e-06 to re-computed values，并且pair_write输出的势与输入用的table符合了。但是还是会有...
modify->setup_pre_force(vflag); // 所有pair类型的计算都是由force父类引出的 if (pair_compute_flag) force->pair->compute(eflag,vflag); else if (force->pair) force->pair->compute_dummy(eflag,vflag); // 根据不同粒子类型启动不同的计算 if (atom->molecular) { if (force->bond) force-...
9、mass 10、pair_style 与 pair_coeff 11、group 12、set 12、write_data 13、timestep 14、velocity 15、fix 16、thermo 和 thermo_style 17、dump 前言 主要是金属模拟中常用到的命令,每个命令仅仅介绍了部分常用的,用于快速入门。 1、units ①主要作用:定义单位类型。units命令用来定义模拟过程中使用的单位...
力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds 设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style,...
write_data FeNiCrCoCu_$a.data group ALL type 1 2 3 4 5 delete_atoms group ALL #为建立新模型调用shell脚本更换随机数 shell ./mseed.sh next a jump FeNiCrCoCu.in loop 通过运行该脚本，我们获得了1000个模型如图1所示。同时，通过共轭梯度和快速下降方法交替对每个模型进行优化，获得其结构优化的...
pair_style lj/cut/coul/long 10.0 10.0 #非键相互作用 长程库仑力 LJ(Lennard-Jones)势参数 bond_style harmonic #简谐键 angle_style harmonic #简谐角 dihedral_style opls #二面角 optimized potentials for liquid simulations(OPLS) 液体体系 improper_style cvff #离面角 一致性力场(consistent valence force...
lammps中的write_restart和read_restart怎么用,实验目的搭建MPI并行计算环境在此基础上运行LAMMPS(Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator)一个示例比较单机运行和分布式运行的效率实验环境宿主机上创建三台虚拟机,统一配置如下:安装系统:Ubuntu20.04CPU8
h h h 一 h 1 h 2 h h 二 h 1 h 2 h h 四一 h h h VMD:amolecularvisualizationprogramfordisplaying,animating,andanalyzing large
在模拟过程中，我们首先执行了unfix命令，以解除之前可能施加在系统上的任何约束或固定条件。这一步骤对于确保模拟的自由度和准确性至关重要。1write_data200K.data Ice procress.fix2 all nvt temp ${T_fi} ${T_fi} ${damp_T}dump 2 all custom 10000 ice.dump id type x y z vx vy vz fx fy fz ...