因为没有图形化交互界面,我们与lammps程序的唯一联系就是input文件,我们给出lammps可以听懂的指令,lammps忠实的为我们执行计算,其间最大的障碍就是使用者对于input理解不清写作出错,这也是lammps学习的重点和难点,无论什么idea的实现都需要依赖于input。 而本次专栏也将介绍input文件语法及其背后支持input命令运作的源码。
“八股文”模式标准化Lammps的输入文件input：以膜蛋白模拟为例 壹 相比于第一性原理中的常用软件Vasp，分子动力学常用的软件Lammps虽然因为免费和开源的特性，拥有了更大的自由度，但同时也带来了输入文件里写法混乱的问题。这个问题在许多初学者身上尤为明显，尤其是那些因为种种原因（比如课题组里的师兄师姐们都是做...
“八股文”模式标准化Lammps的输入文件input:以膜蛋白模拟为例 壹 相比于第一性原理中的常用软件Vasp,分子动力学常用的软件Lammps虽然因为免费和开源的特性,拥有了更大的自由度,但同时也带来了输入文件里写法混乱的问题。 这个问题在许多初学者身上尤为明显,尤其是那些因为种种原因(比如课题组里的师兄师姐们都是做实...
Input(classLAMMPS*,int,char**); ~Input()override; voidfile();//process all input voidfile(constchar*);//process an input script char*one(conststd::string &);//process a single command voidsubstitute(char*&,char*&,int&,int&,int); ...
LAMMPS基于C++程序语言编程，没有类似其他商用软件的直观的用户交互界面。因此，模拟体系的建模、能量控制、...
三、类型转换(关于input) 四、基本语句 elif: for: while: 一、操作 注释 #print("hello") #第一种方法 ''' 第二种方法:三个英文单引号 第三种方法:选中内容 Ctrl+/ 注释、取消注释 Ctrl加斜杠也是很多编辑器通用的注释方法 ''' 1. 2. 3. ...
Open the LAMMPS input dialog Prepare simulation parameters Choose the number of repeating units of the input coordintes in x, y and z directions Choose the water potential. The current version supports SPC and SPC/E model potentials Choose the name of LAMMPS formatted coordinates. The name will...
件(input script),也就是in文件,以及关于体系的 原子坐标之类的信息的文件(data file)。lammps在 执行计算的时候,从这个in文件中读入命令,所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使 用。下面介绍一些关于in文件的事项 每一非空行都被认为是一条命令(大小写敏 ...
CommandsCommandsCommands 描述了描述了描述了lammpslammpslammps输入文件的格式和在定义输入文件的格式和在定义输入文件的格式和在定义lammpslammpslammps模拟所需要的命令模拟所需要的命令模拟所需要的命令... 1.1LAMMPSinputscript1.1LAMMPSinputscript1.1LAMMPSinputscript 我们用我们用我们用lammpslammpslammps做分子动力学模拟做...
分享一个金属晶界生成的lammps模拟代码,主要原理是生成不同取向的两部分晶体,通过能量最小化得到晶界结构。 in文件代码: # LAMMPS Input File for Grain Boundaries # Mark Tschopp, Dec2009 # This file will generate numerous input files for LAMMPS