fix_modify命令可以用来重置fix命令定义的某些设置。具体细节可以参考特定类型的fix命令。 有些fix命令会在写二进制重启动文件(restart命令或write_restart命令)时保存其内部状态。这些fix命令会在重启动该模拟时继续对计算过程起作用。参考read_restart命令,了解在读入重启动文件的输入脚本中,如何重新指定fix命令。参考具体...
(2)compute temp/com 该命令首先计算原子组质心的速度,在计算温度时,去除质心速度。 使用方法: computemyTempmobiletemp/com 重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中: fix1flownvttemp3003000.1fix_modify1tempmyTemp 或者: thermo_modifytempmyTemp 温度修正命令不仅用到流体体系模...
(2)compute temp/com 该命令首先计算原子组质心的速度,在计算温度时,去除质心速度。 使用方法: computemyTempmobiletemp/com 1. 重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中: fix1flownvttemp3003000.1 fix_modify1tempmyTemp 1. 2. 或者: thermo_modifytempmyTemp 1. 温度修正命...
fix_modify命令可以用来重置fix命令定义的某些设置。具体细节可以参考特定类型的fix命令。 有些fix命令会在写二进制重启动文件(restart命令或write_restart命令)时保存其内部状态。这些fix命令会在重启动该模拟时继续对计算过程起作用。参考read_restart命令,了解在读入重启动文件的输入脚本中,如何重新指定fix命令。参考具体...
1.1 初始化命令 设置在创建原子或从文件中读取原子之前需要定义的参数。 相关命令:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify. 如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场:pair_style,bond_style,angle_style,dihedral_style,improper_style。
分子动力学模拟拉伸除了velocity方式之外,还可以使用fixdeform命令。 fix deform命令使系统在给定的应变速率下进行变形。 与velocity方式不同之处在于,deform方式下的拉伸并不需要固定被拉伸物体的两端。在本例中,为防止在能量最小化阶段石墨烯的飘动,同样对石墨烯两端进行了约束。
以下列出的fix命令都是专门用于颗粒系统中的: Fix freeze;fix pour;fix viscous;fix wall/gran 其中的fix freeze指令能够将被冻结原子的力与力矩都清零,代替在其他模型中所使用的fix setforce指令。为了提高计算效率,可以通过neigh-modify exclude指令忽略冻结原子两两间的计算。
fix*** 这个命令相当重要 多的不说,看手册 unfix 取消某个fix设置 fix_modify, ---Output--- dump, ** 输出数据,输出的为单个原子的信息,可视化就用它 undump,* 取消某个dump设置 thermo, ** 输出全局数据,比如温度,压强,长度,总能量等 thermo_style,* 配套thermo的 thermo_...
boundary, atom_modify等。 2. Atom definition lammps提供3种定义原子方式: 通过read_data或read_restart命令从data或restart文 件读入,这些文件可以包含分子拓扑结构信息,这 一方法在续算上也很有用。 按照晶格的方式创建原子,这种方式不包含 分子拓扑信息,可能会用到例如如下的一些命令: ...
neigh_modify exclude group solid solid #按比例删除薄膜原子 region membrane block-0.250.25INFINFINFINFdelete_atoms porosity membrane0.5482793#温度初始化 velocity fluid create1.04928459mom yes rot yes dist gaussian fix mynve all nve compute temperature_fluid fluid temp ...