下面是全部in文件代码: #模型基本参数unitsrealatom_stylefullboundaryppptimestep1regionboxblock-2020-2020-2020unitsbox#创建boxcreate_box2boxbond/types1angle/types1extra/bond/per/atom2extra/angle/per/atom1extra/special/per/atom2moleculeCO2CO2.txtregionco2sphere00010unitsboxcreate_atoms0random2009090co2mol...
也就是说,如果你添加了新的原子或分子,extra设置需要与第一次读取数据时的设置一致。 总结: 这段话的核心内容是LAMMPS如何通过extra设置预分配内存空间,处理在模拟中新增键、角度、二面角、失配以及1-2、1-3、1-4 邻居关系等数据结构。为了确保模拟的顺利进行,用户需要: 在第一次读取数据文件时指定extra设置。 ...
lammps算完后显示的时间报告中，正常应是pair类型计算最耗时，但4核时，显示comm损耗很大。
pair_coeff 11Cu_u3.eam variable Nequalstep variable Etotalequaletotal variable Tequaltemp variable Vequalvol velocity allcreate$x825577distgaussian fix extraallprint100${N}${V}${T}${Etotal}filedata timestep 0.002 thermo 1000 fix 1allnvttemp$x20000.2 run 120000 很简单的输入脚本,在34~35行定义...
②必写关键字:extra/improper/per/atom 该关键字必须写,否则报错:同上。该关键字系数必须 >= 所建粒子(分子)中原子的个数 2.create_atoms 该关键字没什么太难的,注意一点: seed = random # seed 即正整数,并不是让选择random/seed (这个错误让我尴尬)。
在./examples/CHGNET，我们可以看到开发者提供的输入样例inp.lammps，其中pair_style和pair_coeff格式如下...
angle_style harmonic#创建一个box,并选择一个区域把水放进去region box block 0 10 0 10 0 10#规划区域:定义一个长方体区域叫box,长宽高 单位angstromcreate_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1#create_box N region-ID keyword value ...;box支持...
力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , pair_coeff , bond_coeff , angle_coeff 等。 各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, group, timestep, reset_timestep , run_style , min_style. fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 对体系施加一系列的约束条件,选择系综等等. 设定 lammps...
力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , pair_coeff , bond_coeff , angle_coeff 等。 各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, group, timestep, reset_timestep , run_style , min_style. fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 对体系施加一系列的约束条件,选择系综等等. 设定 lammps...
pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 neighbor 0.3 bin neigh_modify every 20 delay 0 check no fix 1 all nvt temp 0.5 0.5 0.01 fix 2 all enforce2d #--- Run MD Simulation --- dump 1 all custom 100 toEquil.lammpstrj id type x y z vx vy vz thermo 500 run 10000 1. 2. 3. 4. 5. 6...