topo clearbonds topo writelammpsdata in.data full 这样我们就得到了一个atom_style为full的结构文件。看一眼: (in.data) LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.7 on Thu Jul 20 04:04:11 +0800 2023 4000 atoms 0 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers...
打开Cu.data文件后会发现,data文件包含8个原子,原子的ID是19-32,并且也不连续。 添加reset_atom_ids命令后,代码如下: unitsmetalboundaryppfatom_stylefulllatticefcc3.61regionboxblock020202create_box1boxcreate_atoms1boxregiondelblockINFINFINFINFINF1delete_atomsregiondelmass164reset_atom_idswrite_dataCu.data ...
Compress yes对删除部分原子后的剩余原子进行编号压缩,保证ID连续不间断。 这个属性默认是yes状态,所以下面的两句命令效果是一样的: delete_atomsregiondelcompressyes 或 delete_atomsregiondel 1. 2. 3. Compress发挥作用的前提是atom_style不为full类型。 对于金属体系来说,一般原子类型为atomic,在使用delete_atoms...
Small updates for the ELECTRODE package (new qtotal, eta keywords, check for mobile atoms) (Ludwig Ahrense-Iwers, Robert Meissner, TU Hamburg, Shern Tee, Griffith U.) PR#4095 Small updates to fix pimd/langevin to improve the support for thepimdmethod (Yifan Li, Princeton) PR#4107 ...
核壳模型中,需要采用的atom_style为full。 这时,在输入的data文件中需要包含以下关键词(实际输入时需要删除尖括号) # notes: in<>is number, when input numerical values, please delete<><number of atoms>atoms<number of bonds>bonds<number of angles>angles<number of dihedrals>dihedrals<number of atom...
Atoms # full 2290 1 2 -0.820000 68.712000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2291 1 2 -0.820000 70.143500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2292 1 2 -0.820000 71.575000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2293 1 2 -0.820000 73.006500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* ...
116803 atoms #多少个atoms 70386 bonds #共多少个bonds 41643 angles #共多少个angles 13700 dihedrals #共多少个dihedrals 2550 impropers #共多少个impropers 191 atom types #子类 195 bond types 356 angle types 548 dihedral types 102 improper types ...
Atoms # full 1 1 1 0.0 5.6391501217 6.2735045668 6.2738370369 2 1 1 0.0 5.5994825507 6...
62156 atoms reading velocities ...62156 velocities scanning bonds ...3 = max bonds/atom scanning ...
atom_style full #设置原子样式 #创建模拟区域 region box block 0 10 0 10 0 10 #创建一个边长为10的方形区域 #创建原子类型 read_data atoms.data #从文件中读取原子数据 #设置相互作用势函数 pair_style lj/cut/coul/long 10.0 #使用Lennard-Jones势和长程库仑势 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 10.0 #设置...