和create_atoms命令一样,args是某些方式需要带的参数,group需要一个group-ID,表示删除该组内的原子;region需要一个region-ID,表示删除该区域内的原子;overlap需要一个cutoff表示原子对间距,当原子对的间距小于这个值时就删除其中一个原子,还需要group1-ID、和group2-ID,只有当其中一个原子在group1,另一个原子...
LAMMPS data file. personal program. NaCl_solute system 2741 atoms 1806 bonds 903...
核壳模型中,需要采用的atom_style为full。 这时,在输入的data文件中需要包含以下关键词(实际输入时需要删除尖括号) # notes: in<>is number, when input numerical values, please delete<><number of atoms>atoms<number of bonds>bonds<number of angles>angles<number of dihedrals>dihedrals<number of atom ...
special neighborsspecial bonds CPU = 0.022 secondsread_data CPU = 0.797 secondsCreated 250 atoms...
Atoms # full 2290 1 2 -0.820000 68.712000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2291 1 2 -0.820000 70.143500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2292 1 2 -0.820000 71.575000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2293 1 2 -0.820000 73.006500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* ...
8、creat_atoms 1. 在盒子box内填充原子 2.在指定区域(region)内填充原子 3.生成单个原子 4.随机生成原子 9、mass 10、velocity 模拟参数的设置 设置作用势 10、pair_style pair_coeff ( 3) pair_modify 计算近邻列表 neighbor neigh_modify 15、fix ...
原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, ...
h h h 一 h 1 h 2 h h 二 h 1 h 2 h h 四一 h h h VMD:amolecularvisualizationprogramfordisplaying,animating,andanalyzing large
#puts the Cu atoms into different part group Cu_surface intersect Surface_atom Cu group ...
delete_atomsregiondelcompressyes 或 delete_atomsregiondel 1. 2. 3. Compress发挥作用的前提是atom_style不为full类型。 对于金属体系来说,一般原子类型为atomic,在使用delete_atoms会默认进行ID重新排列,因此,不会出现velocity错误提示。 如以下代码,原子类型为atomic,删除Cu底部原子后,剩余8个原子编号仍然为1-8:...