topo clearbonds topo writelammpsdata in.data full 这样我们就得到了一个atom_style为full的结构文件。看一眼: (in.data) LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.7 on Thu Jul 20 04:04:11 +0800 2023 4000 atoms 0 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers...
单独弛豫没有问题,但是当2个结构组合到一起,盒子尺寸扩大,盒子两侧的原子会被拉长。 在lammps模拟时,因为键被拉的过长,会造成“bond atoms missing”错误,这种错误在聚合物模拟中经常会出现,这个错误的解决也是聚合物模拟的一个难点。 解决这个问题的关键:合并之前,把盒子两侧的同一键接原子移动到同一侧。 本文提供...
delete_atoms regiondel compressyes 1. 或 delete_atoms regiondel 1. Compress发挥作用的前提是atom_style不为full类型。 对于金属体系来说,一般原子类型为atomic,在使用delete_atoms会默认进行ID重新排列,因此,不会出现velocity错误提示。 以下代码,原子类型为atomic,删除Cu底部原子 unitsmetal atom_styleatomic lattic...
Small updates for the ELECTRODE package (new qtotal, eta keywords, check for mobile atoms) (Ludwig Ahrense-Iwers, Robert Meissner, TU Hamburg, Shern Tee, Griffith U.) PR#4095 Small updates to fix pimd/langevin to improve the support for thepimdmethod (Yifan Li, Princeton) PR#4107 ...
Atoms # full 2290 1 2 -0.820000 68.712000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2291 1 2 -0.820000 70.143500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2292 1 2 -0.820000 71.575000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2293 1 2 -0.820000 73.006500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* ...
核壳模型中,需要采用的atom_style为full。 这时,在输入的data文件中需要包含以下关键词(实际输入时需要删除尖括号) # notes: in<>is number, when input numerical values, please delete<><number of atoms>atoms<number of bonds>bonds<number of angles>angles<number of dihedrals>dihedrals<number of atom...
三年前写过几行代码，可以把从MS保存的car文件转换成lammps的data文件，应该可以满足题主的需要：https:...
atom_stylefull #力场参数设置 bond_styleharmonic angle_styleharmonic dihedral_styleopls improper_styleharmonic boundaryppp pair_stylelj/cut/tip4p/long12110.10510.0 kspace_stylepppm/tip4p1.0e-4 pair_modifymixarithmetictailyes special_bondslj/coul0.00.00.5angleyes ...
data file for tip4p3 atoms2 bonds1 angles #非刚体结构in文件中不能写masses,刚体的话要写。full中read_data格式无massesCoords #坐标 x y z 1 1.360 1.39 0.5702 1.770 0.81 1.2203 0.430 1.31 0.740Types #原子编号 类型1 12 23 2Charges #电荷1 -1.0484 2 0.5242 3 0.5242 #下面时拓扑信息 可看最...
Atoms # full 1 1 1 0.0 5.6391501217 6.2735045668 6.2738370369 2 1 1 0.0 5.5994825507 6...