在lammps模拟中,不同的模拟体系对原子类型有一定的要求,最常用的原子类型是atomic、charge、full类型。 聚合物原子有键连接,对应full类型,如果采用反应势(reaxff),对应原子类型为charge类型,对于金属体系,相对比较简单,仅需要原子坐标即可,对应atomic类型。 不同atom_style对应的data文件格式不同,下面分别介绍这三种原子...
1. 设置原子类型为charge atom_style charge 2. 设置pair_style pair_style reax/c lmp_control 其中,reax/c为反应势类型说明,lmp_control为输出控制文件,如果不需要对输出进行控制,可设置为NULL,如: pair_style reax/c NULL 3. 设置pair_coeff 参数设置和其它力场设置差不多,ffield.reax.cho为力场文件,后面...
unitsreal #原子类型为charge atom_stylecharge #反应势力场要求步长要小一些,一般0.1-0.5fs timestep0.25 #读取data文件 read_datadata.CHO #设置力场为反应力场,lmp_control为控制文件 pair_stylereax/clmp_control #力场文件为ffield.reax.cho,三种原子分别为H C O pair_coeff**ffield.reax.choHCO #邻居列表...
聚合物原子有键连接,对应full类型,如果采用反应势(reaxff),对应原子类型为charge类型,对于金属体系,相对比较简单,仅需要原子坐标即可,对应atomic类型。 不同atom_style对应的data文件格式不同,下面分别介绍这三种原子类型对应的data文件格式。 1.full类型 full类型的原子类型包含的原子信息如下图所示: full类型对应的原...
atom_style charge timestep 0.001 #构建模型 read_data 121210.data #将type为1的原子转换为其他原子 set type 2 type/ratio 3 0.086 87393 set type 1 type/ratio 4 0.02143 87393 #设置原子类型 write_data YSZ-121210.data 需要手动删除空位4号原子,自己添加电荷、微调原子数目等,后处理可以采用origin+Exc...
只需要坐标和电荷，其中电荷又因为QEq会算，留个空位都写0.0就行。对应的atom_style可以是charge或...
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization,Atomdefinition,Settings,Runasimulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1)Initialization 在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置.相关的命令有:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify。其中，units:选择单位系统,lammps提供了lj、...
atom_modify C charge set type 2 charge 0.5 neighbor 0.3 bin neigh_modify every 5...
atom_modify C charge set type 2 charge 0.5 neighbor 0.3 bin neigh_modify every 5...
软件的入门推荐几个公众号:LAMMPS加油站、LAMMPS助手、LAMMPS爱好者,里面都有不错的例程。对于代码的细节问题,强烈建议仔细研读LAMMPS-Manual,里面虽然有极少数的错误(举个例子,atom_style是charge的data文件编写部分),但是所有问题都可以通过它解决。个人经验是用PDF阅读器在每个指令加书签,方便多次查阅。