源码是Aug 2024 稳定版本的。参考 Extending and Modifying LAMMPS: Writing Your Own Source Code。今天开始学习fix命令。从fix addforce开始,它的作用是向指定原子施加指定的力。语法如下: 源文件和头文件位于…
大家好,我是小马老师。 本文分享一个使用fix addforce命令进行拉伸的案例,运行效果如下: 模拟采用LJ单位,初始结构是由40个原子组成的一条链,原子之间设置键连接,共39个键。 在设置力场时,忽略pair势,只计…
#在最右侧的原子(force组)施加作用力 fixexternforceforceaddforcev_extforce00 #计算x方向伸长量 variabledistequal(x[40]-x[1]) #力和x方向伸长量保存到文件中 fixavgallave/time1500000500000v_distv_extforcefiledist_vs_forceaveone #输出运行结果 thermo500000 thermo_stylecustomstepf_avg[1]v_extforce ...
举例来说,如果你先定义了fix nvt命令,然后又定义了fix nve命令,这样做并不会将先定义的NVT时间积分取消掉,而是这两个时间积分同时进行。 如果你在定义一个新的fix命令时,所使用的ID和类型名与某个已经定义的fix命令完全相同,那么先前定义的那个fix命令就会被删除掉,而新的fix命令会被创建,所使用的参数也是重新定...
LAMMPS之约束方法(转摘)——1.刚性约束(fix shake、rigid);2.运动约束(fix addforce、aveforce、setforce等);3.墙(粒子墙、虚拟墙fix wall/reflect) 摘要:LAMMPS之约束方法(转摘):https://mp.weixin.qq.com/s/xvNgzzbpfRfOludj1BZjuQ阅读全文 posted @2023-05-05 22:20一棵开花的树sysu阅读(720)评论(0...
1..在提交计算之前,打开putty,输入命令”top“,即可查看当前服务器的运算情况。 先看CPU使用情况,可以计算还剩余多少空间可以使用。如,当前显示cpu-60.7%,若总核数为40,经过计算还剩余16个核可用。 同时,还可以看当前的user是谁,以及大概推测各自所用核数为多少。
fix addforce,命令可以的，当然也可以采用施加位移的办法、
这个命令表示对模拟系统中的所有粒子施加Langevin动力学,温度为300K,粘滞阻力为300.0,随机力的大小为100.0。 3. fix deform的使用: fix 3 all deform 1 x erate 0.1 这个命令表示对模拟系统中的所有粒子施加沿x方向的拉伸,拉伸速率为0.1。 4. fix addforce的使用: fix 4 water addforce 0.0 0.0 -10.0 这个...
implemented ones include fix addforce, aveforce, enforce2d, indent, lineforce, planeforce, setforce, and wall/lj93。 注意indent和wall/lj93有一个联合势能。如果你希望这个能量被包括在系统的总势能中,(属性量正在优化的系统),你必须使得 fix_modify命令的能量energy选项对这个fix有效。you must enable the...
fix addforce命令对flow组在x方向施加力,使其产生流动。 fix 6 flow addforce 1.0 0.0 0.0 (7)障碍物设置 案例中的障碍物是两个球形的空心障碍物,分两步设置。 首先删除两个球形区域内的原子。 region void1 sphere 10 4 0 3 delete_atoms region void1 region void2 sphere 20 7 0 3 delete_atoms re...