KEGG功能注释助力解析细菌全基因组功能信息。细菌全基因组测序完成后需进行KEGG功能注释。该注释能揭示细菌代谢途径相关基因分布。借助KEGG数据库可对细菌基因功能分类。不同细菌全基因组KEGG功能注释结果有别。注释能发现细菌参与的特定生物合成通路。为研究细菌生存策略提供基因功能线索。分析KEGG注释结果可了解细菌适应机制。
1.环境微生物组:快速评估土壤/海洋微生物群的代谢潜力,解析碳氮循环关键基因 2.病原微生物:识别耐药基因(如β-内酰胺酶家族K01467)和毒力因子 3.合成生物学:在设计人工代谢通路时,验证外源基因的功能兼容性 总结 作为KEGG官方推荐的注释工具,KofamScan凭借其精准的HMM算法、严格的质控标准和丰富的注释维度,已成为...
宏基因组humann2功能注释及功能数据库(KEGG、CAZy、CARD等)比对注释 百迈客生物 863 0 KEGG通路图绘制教程【百迈客生物】 百迈客生物 1.9万 2 相关性分析、差异表达基因分析、共表达模式聚类分析、基因功能注释、转录因子注释工具【百迈客生物】 百迈客生物 1.6万 22 轻松发文系列 | 比较基因组视频小课堂...
eggNOG-mapper 大名鼎鼎,是一款非常全面,高效,准确,且一直在更新的软件,对应的,该团队提供了网页接口,任何人可以提交蛋白序列文件,在极短的时间内(一般几分钟)完成基因功能注释,包括:1.具体功能描述信息2.Gene Onotoloy注释信息3.KEGG 注释信息4.PFAM 注释信息5.以及其他... 今天的这份教程,会让任何人看过之后...
有参转录组实战8-基因功能注释_GO_KEGG_swissprot_pfam_TFDB_iTAK 啊辉的科研 3 人赞同了该文章#进行功能注释时,我们只用到蛋白文件,就是上一期提取序列的文件“Ptri.protein.fa”。 #使用命令“grep -c ">" Ptri.protein.fa”统计下“>”的个数,发现有52400个。 #新建文件夹“swissprot” wget https:...
1.碳功能注释 碳元素在生物体内起到了构建生物大分子的重要作用。通过KEGG 数据库的碳代谢通路，我们可以对宏基因组中的碳功能进行注释。具体做法是将宏基因组序列通过blast比对到KEGG数据库的基因组数据集，利用KEGG的碳代谢通路信息对宏基因组的功能进行注释，进而了解宏基因组在碳循环中的角色和功能。2.氮功能注释...
关于基因功能富集分析的教程之前其实介绍过很多,比较简单的方法是直接使用在线工具(如OmicShare tools)去完成。如果是使用R语言,我觉得对初学者来说比较“凌乱”的是相关注释包的下载安装。 闲言少叙,下面就以具体的例子看下,如何安装基因功能富集分析相关的R包并完成简单的GO、KEGG富集分析。本文的主要内容是clusterProf...
eggNOG-mapper是一款全面、高效且持续更新的软件，提供网页接口，让任何用户提交蛋白序列文件，在几分钟内完成基因功能注释。注释内容包括：具体功能描述信息、Gene Ontology注释信息、KEGG注释信息、PFAM注释信息以及其他信息。掌握注释方法后，可获取用于基因功能富集分析的输入文件，如GO富集分析、KEGG富集分析。
首先，使用Plant TFDB网站预测转录因子，获取3835个转录因子。然后，使用iTAK预测转录因子、调控因子、激酶，通过该工具进行后续分析。接下来，进行GO注释和KEGG注释。参考相关教程，可以使用eggnog-mapper.embl.de进行工具操作。在这个过程中，通过邮箱接收结果，通常需要等待半小时左右。下载结果文件，仅保留...
GO数据库的基础就是一个一个的GO term,它们是树状的结构,存在冗余。GO database的root node有三个,分别为BP、CC、MF。KEGG就是人工注释的一张又一张代谢通路,是网状的。 GO term是一个纯粹的基因集,没有定义里面基因的相互关系;KEGG不仅有基因集,还定义了基因和代谢物之间的复杂的相互关系,所以才能叫做pathway...