科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库, 视频播放量 770、弹幕量 0、点赞数 11、投硬币枚数 2、收藏人数 24、转发人数 0, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.co
create_kegg_db(species) #当前工作目录中会自动创建名称为KEGG.db_1.0.tar.gz的源码包; #当然也可仅创建自己关注物种的注释包; #create_kegg_db('zma') #或者创建KEGG上所有物种的注释包; #create_kegg_db("all") #安装自己创建的源码R包; #repos=NULL表示本地安装; install.packages("~/KEGG.db_1.0....
打开该功能,可见非常简单的输入界面 使用非常简单,具体示例如下 输出文件中,大家可能最关注的有四个: out.emapper.annotations.description.txt,对应的功能文本描述 out.emapper.annotations.GO.txt,对应的是GO注释结果,可直接用于 TBtools GO富集分析,当注释背景文件 out.emapper.annotations.KEGG_Knum.txt,对应的是...
一、新基因发掘 基于所选参考基因组序列,使用StringTie软件对Mapped Reads进行拼接,并与原有的基因组注释信息进行比较,寻找原来未被注释的转录区,发掘该物种的新转录本和新基因,从而补充和完善原有的基因组注释信息。因此我们需要下载并搭建一些常用蛋白数据库,然后通过一系列比对分析来对一些新的基因进行注释。 二、数...
科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库 百迈客生物 762 0 【宏基因组】:宏基因组测序技术与耐药基因研究 百迈客生物 191 0 “Binning”!百迈客生物宏基因组高级分析“利器出鞘” 百迈客生物 245 0 【研究思路分析】宏基因组与元素循环研究 百迈客生物 252 0 百迈客云多组学联合...
三、KEGG通路富集分析 1.首先加载所需要的包 library(clusterProfiler)library(dplyr)library(ggplot2)library(stringr)library(enrichplot) 2.KEGG富集分析 ###超几何分布来判断是否富集 #上调基因的通路富集 kk.up <- enrichKEGG(gene = gene_up, organism...
1.碳功能注释 碳元素在生物体内起到了构建生物大分子的重要作用。通过KEGG 数据库的碳代谢通路，我们可以对宏基因组中的碳功能进行注释。具体做法是将宏基因组序列通过blast比对到KEGG数据库的基因组数据集，利用KEGG的碳代谢通路信息对宏基因组的功能进行注释，进而了解宏基因组在碳循环中的角色和功能。2.氮功能注释...
eggNOG-mapper是一款全面、高效且持续更新的软件，提供网页接口，让任何用户提交蛋白序列文件，在几分钟内完成基因功能注释。注释内容包括：具体功能描述信息、Gene Ontology注释信息、KEGG注释信息、PFAM注释信息以及其他信息。掌握注释方法后，可获取用于基因功能富集分析的输入文件，如GO富集分析、KEGG富集分析。
首先，使用Plant TFDB网站预测转录因子，获取3835个转录因子。然后，使用iTAK预测转录因子、调控因子、激酶，通过该工具进行后续分析。接下来，进行GO注释和KEGG注释。参考相关教程，可以使用eggnog-mapper.embl.de进行工具操作。在这个过程中，通过邮箱接收结果，通常需要等待半小时左右。下载结果文件，仅保留...
Tips: 通过 DAVID 对肿瘤相关基因做功能注释和富集分析。 <1> 打开DAVID 平台 http://david.abcc.ncifcrf.gov/ 观察DAVID 提供的功能有:寻找富集的生物主题,尤其是 GO 条目;发现富集的功能相关的基因组;聚合冗余注释条目;可视化基因的 BioCarta 与 KEGG 通路图;2-D 视图展示相关的多基因对多条目关系;搜索其它...