1.碳功能注释 碳元素在生物体内起到了构建生物大分子的重要作用。通过KEGG 数据库的碳代谢通路，我们可以对宏基因组中的碳功能进行注释。具体做法是将宏基因组序列通过blast比对到KEGG数据库的基因组数据集，利用KEGG的碳代谢通路信息对宏基因组的功能进行注释，进而了解宏基因组在碳循环中的角色和功能。2.氮功能注释...
中科新生命 敲黑板!新手一看就会宏基因测序之第②篇 | 宏基因组学(metagenomics)以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象,利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。与扩增子测序相比,宏基因组测序不仅对于物种鉴定精度更高,更能同时注释KEGG、CAZy、COG、CARD等功...
与扩增子测序相比,宏基因组测序不仅对于物种鉴定精度更高,更能同时注释KEGG、CAZy、COG、CARD等功能数据库,获得数倍于扩增子测序的微生物组组成及功能信息。这一篇将继续为大家介绍数据分析的问题~Q3:去宿主答:由于宏基因上机的样品是抽提得到的total DNA,如果原始样品中存在部分宿主组织(如),则测序得到的rawdata中...
与扩增子测序相比,宏基因组测序不仅对于物种鉴定精度更高,更能同时注释KEGG、CAZy、COG、CARD等功能数据库,获得数倍于扩增子测序的微生物组组成及功能信息。今天继续大家分享宏基因测序的数据分析相关问题~Q1:物种和功能对应关系如何查找?答:以KEGG的注释结果为例:可查找结果文件7-FunctionAnnotation/1.KEGG/Unigenes....
与扩增子测序相比,宏基因组测序不仅对于物种鉴定精度更高,更能同时注释KEGG、CAZy、COG、CARD等功能数据库,获得数倍于扩增子测序的微生物组组成及功能信息。 上面两篇内容主要是针对宏基因 #测序 的过程及数据分析进行问答。这一篇主要和大家解释 #真菌 注释信息较少的问题改如何解决。 Q5:真菌注释信息较少,如何...