功能注释主要是基于功能同源的序列往往具有序列相似性的原理,将去冗余后的基因蛋白序列,与不同的蛋白功能数据库进行序列比对, 然后用比对到的序列的功能作为目标序列的功能。 从gene catalogue 出发,进行代谢通路(KEGG)[6,7],同源基因簇(eggNOG)[8],碳水化合物酶(CAZy)的功能注释和丰度分析。基于物种丰度表和功能...
科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库 百迈客生物 762 0 【宏基因组】:宏基因组测序技术与耐药基因研究 百迈客生物 191 0 “Binning”!百迈客生物宏基因组高级分析“利器出鞘” 百迈客生物 245 0 【研究思路分析】宏基因组与元素循环研究 百迈客生物 252 0 百迈客云多组学联合...
1.碳功能注释 碳元素在生物体内起到了构建生物大分子的重要作用。通过KEGG 数据库的碳代谢通路，我们可以对宏基因组中的碳功能进行注释。具体做法是将宏基因组序列通过blast比对到KEGG数据库的基因组数据集，利用KEGG的碳代谢通路信息对宏基因组的功能进行注释，进而了解宏基因组在碳循环中的角色和功能。2.氮功能注释...
元莘生物研发技术团队潜心研发,通过查阅大量研究文献和资料整理,在KEGG数据库的基础上进一步整合了KOFAM、Pfam和TIGRfam、dbCan2、MEROPs、PCyCDB数据库,利用蛋白结构域寻找功能基因,整理构建了专门用于碳(C)、氮(N)、磷(P)、硫(S)循环的功能基因集,帮助微生物研究者们实现更深入、更全面的数据挖掘。广泛适用于各...
KOfam功能注释 KEGG 是Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes的简称,是系统分析基因产物和化合物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。它整合了基因组信息、化合物和小分子信息以及生化反应系统等方面数据,主要包括代谢通路(KEGG PATHWAY)、药物(KEGG DRUG)、疾病(KEGG DISEASE)、功能模型(KEGG MODULE)、...
宏基因组功能注释KOfam是一个方便的KEGG功能注释工具,由创建KEGG的京都大学化研所生物信息中心学者在2019年11月发表于Bioinformatics。以隐马尔科夫模型(HMM)创建的KOfam来进行蛋白序列同源搜索,其准确性可与性能最佳的工具相媲美。 KOfam功能注释工具主要用于对基因产物和化合物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的...
注: 横坐标6大功能类,纵坐标基因丰度,颜色表示功能。 3.3 KEGG功能注释 KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, 京都基因和基因组百科全书,http://www.genome.jp/kegg/) 是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的大型知识库。 KEGG GENES数据库提供关于在基因组计划中发现的基因和蛋白质的序列...
①可以通过功能通路分析挖掘与疾病相关微生物：将在KEGG中注释到初级胆汁酸代谢通路ko00120和次级胆汁酸代谢通路ko00121的所有基因构建基因集，进一步进行物种注释和功能注释，再进行后续的统计学分析，可以将后续的分析锁定在胆汁酸代谢相关的微生物和功能上。大大减少宏基因组数据挖掘的难度。②通过宏基因组的代谢通路组...
KOfam功能注释 KEGG 是Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes的简称,是系统分析基因产物和化合物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。它整合了基因组信息、化合物和小分子信息以及生化反应系统等方面数据,主要包括代谢通路(KEGG PATHWAY)、药物(KEGG DRUG)、疾病(KEGG DISEASE)、功能模型(KEGG MODULE)、...
这里我们使用 eggnog-mapper 工具来进行基因功能注释。eggnog-mapper 是一个非常方便的基因功能注释流程 。可以自动化完成基因功能注释工作,其内置了COG/KOG/KEGG/GO/BiGG 等数据库,也可以自行创建注释数据库。 eggnog-mapper 在不同的系统分类水平都进行了构建直系同源簇,当前使用的 eggNOG v5.0 版本数据库,包含...