宏基因组humann2功能注释及功能数据库(KEGG、CAZy、CARD等)比对注释 百迈客生物 265 0 宏基因组入门、质控、组装及基因集构建 百迈客生物 205 0 5分钟速览:功能基因筛选常见问题 百迈客生物 260 0 海量组学数据如何变宝?功能基因挖掘直播课为您解答 百迈客生物 298 0 TOP期刊生信绘图,0代码轻松拿下 ...
KEGG数据库(京都基因和基因组百科全书,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes),是系统分析基因功能、基因组信息的数据库。 KofamKOALA是一个方便的KEGG功能注释工具,由创建KEGG的京都大学化研所生物信息中心学者在2019年11月发表于Bioinformatics。 以隐马尔科夫模型(HMM)创建的KOfam来进行蛋白序列同源搜索,其准确性...
create_kegg_db(species) #当前工作目录中会自动创建名称为KEGG.db_1.0.tar.gz的源码包; #当然也可仅创建自己关注物种的注释包; #create_kegg_db('zma') #或者创建KEGG上所有物种的注释包; #create_kegg_db("all") #安装自己创建的源码R包; #repos=NULL表示本地安装; install.packages("~/KEGG.db_1.0....
# KEGG分面条形图绘制 pdf("KEGG_bar.pdf",width = 10,height = 13.5,family="Times") ggplot(data=data, aes(x=mean,y=Class2,fill=group))+ geom_bar(position=position_dodge(), width = 0.5, # position设置柱子位置,width设置柱子宽度 stat = "identity")+ geom_errorbar(aes(xmin=mean-sd,xm...
一、KEGG功能注释 打开KEGG官方网站 官方网站网址:https://www.kegg.jp/kegg/ 主页是这个样子的: 2.打开BlastKOALA工具 KEGG的主页下方,找到BlastKOALA,并打开。 3.提交自己的Protein序列。 4.参数选择 根据自己的情况,选择物种类型是原核生物还是真核生物; ...
1.碳功能注释 碳元素在生物体内起到了构建生物大分子的重要作用。通过KEGG 数据库的碳代谢通路，我们可以对宏基因组中的碳功能进行注释。具体做法是将宏基因组序列通过blast比对到KEGG数据库的基因组数据集，利用KEGG的碳代谢通路信息对宏基因组的功能进行注释，进而了解宏基因组在碳循环中的角色和功能。2.氮功能注释...
KofamKOALA，基于京都大学化研所生物信息中心开发的隐马尔科夫模型(HMM)技术，提供高效且准确的KEGG功能注释。使用KofamKOALA，用户能通过在线版或本地版获取蛋白质序列的KEGG注释信息。在线版允许用户直接在网页上输入蛋白质序列或上传文件，设置E值并提交以获取结果，结果将通过电子邮件发送。本地版则要求...
多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因,接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析。 读取数据 代码语言:javascript 复制 rm(list=ls())library(Seurat)library(gplots)library(ggplot2)load('sce.markers.all_10_celltype.Rdata') ...
三、KEGG通路富集分析 1.首先加载所需要的包 library(clusterProfiler)library(dplyr)library(ggplot2)library(stringr)library(enrichplot) 2.KEGG富集分析 ###超几何分布来判断是否富集 #上调基因的通路富集 kk.up <- enrichKEGG(gene = gene_up, organism...
#进行功能注释时,我们只用到蛋白文件,就是上一期提取序列的文件“Ptri.protein.fa”。 #使用命令“grep-c">"Ptri.protein.fa”统计下“>”的个数,发现有52400个。 #新建文件夹“swissprot” wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz...