打开R控制台,输入以下代码: ```r library(BiocManager) BiocManager::install("KEGGREST") BiocManager::install("EnrichmentBrowser") ```📚 下载KEGG通路基因列表 接下来,我们要下载KEGG数据库中关于人类(hsa)的通路基因列表。使用`downloadPathways`函数: ```r hsapathway=downloadPathways("hsa") ```🔍 获...
library(KEGGREST)kegg_pathways<-pathwayList("hsa")# 获取人类通路信息head(kegg_pathways) 1. 2. 3. 4. 这段代码将获取人类通路的信息,并显示前几行数据。 解析KEGG数据 接下来,我们需要解析KEGG数据,将其转换为DataFrame格式,以便后续分析。 pathway_df<-data.frame(matrix(ncol=3,nrow=0))# 创建一个空...
Pathview是一个用于整合表达谱数据并用于可视化KEGG通路的一个R包,其会先下载KEGG官网上的通路图,然后整合输入数据对通路图进行再次渲染,从而对KEGG通路图进行一定程度上的个性化处理,并且丰富其信息展示。(KEGG在线数据库使用攻略) Pathview的安装 一种方法是通过Bioconductor安装,需要Bioconductor版本3.9,R的版本3.6 (推荐...
2. 数据整理 #载入所需的R包; library(stringr) library(dplyr) library(tidyr) library(reshape2) #读入KEGG分析结果数据; data<- read.table("metascape_result.txt",header = T,sep ="\t") #读入差异分析表格; exp<- read.csv("OS_diffgenes.csv",row.names = 1) #提取差异倍数; expr<- exp[...
1、安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析 library(topGO) ###画GO图 library(AnnotationHub) ##获取数据库 ...
library(clusterProfiler) library(DOSE) library(ggplot2) library(RColorBrewer) 进行差异分析: ### 差异分析 ### 以转录组测序为例 Gene <- "GAPDH" expData <- read.table(file = "../CGGA_693/CGGA生存曲线/CGGA.mRNAseq_693.Read_Counts-genes.20220620.txt",header = T,row.names = 1,sep = ...
library(KEGGREST)kegg_pathways<-keggList("pathway") 1. 2. 3. 可以使用以下命令查看前几个KEGG通路的名称和ID: head(kegg_pathways) 1. 富集分析 接下来,我们需要进行富集分析来确定通路中的富集程度。使用clusterProfiler包的enrichKEGG函数,我们可以从给定的基因或代谢物列表中找出富集的KEGG通路。以下是一个例...
#BiocManager安装"KEGGREST",if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("KEGGREST")#加载"KEGGREST"library(KEGGREST)#用于提取通路及基因信息#获取KEGG数据库收录的所有物种的清单org<-keggList('organism')##小鼠为mmu#获取小鼠的KEGG数据库的全部通路及...
代码语言:r 复制 #显示特定的通路selected_pathways<-c("B cell receptor signaling pathway","T cell receptor signaling pathway","Fc epsilon RI signaling pathway","PD-L1 expression and PD-1 checkpoint pathway in cancer","Th1 and Th2 cell differentiation","IL-17 signaling pathway","Th17 cell dif...
library(tidyverse) #分列函数 library(openxlsx) #打开excel #工作目录的确定 getwd() #查询工作目录 setwd("C:/Users/LD/Desktop/GO&KEGG") #设定工作目录(据自己需求) #数据的读取 BP = read.xlsx("C:/Users/LD/Desktop/GO&KEGG/GO&KEGG.xlsx",sheet= "BP") ...