pythongeneticsreactionskeggpathwaykegg-reactionmetaboliteskeggrest UpdatedJul 22, 2023 Python GeneSCF moved to a dedicated GitHub page,https://github.com/genescf/GeneSCF gene-annotationgene-ontologypathwayskeggpathway-analysisreactomekegg-pathwayreal-time-analyticsenrichment-analysisreal-time-processingfunctional...
之前我们介绍过irGSEA:基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架,针对17种常见的Functional Class Scoring (FCS)方法进行了benchmark,感兴趣的可以仔细读一下。最近恰好看到了密西根大学的Research Assistant Professor Neurology的Kai Guo的github也有一个打分工具:https://github.com/guokai8/scGSVA ,也值得介绍一下: ...
写此文档的缘由:在做GSEA分析时,由于研究的是非模式生物,从Broad Institue开发的MSigDB没有找到合适的预设基因集,没办法顺利进行GSEA. 但是KEGG数据库收录有目标物种。几经折腾,终于跑上了GSEA. 写此文档为其他研究非模式生物的人员提供一点借鉴。 以大熊猫为例: 1. 安装并加载R包 正常情况下,大家安装R包应该是...
在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并在一至多个 pathway 中发挥作用。而在 KEGG PATHWAY 数据库中,将生物代谢通路划分为 6 类,分别为:细胞过程(Cellular Processes)、环境信息处理(Environmental Information Processing)、遗传...
分层注释pathway 1、首先需要得到同源簇对应到map的对应关系: https://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?ko00001.keg 下载ko00001.keg: https://www.genome.jp/kegg-bin/download_htext?htext=ko00001.keg&format=htext&filedir= 解析ko00001.keg得到K_id_2pathway ...
1. download_kegg_pathway 2. read_kegg_pathway 3. convert_kegg2metpath,分别进行下载,读取和转换作用。 #安装R包remotes::install_github("tidymass/massdatabase", dependencies = TRUE)## 下载tgo的通路代谢物关系download_kegg_pathway(path = "kegg_tgo_pathway",sleep = 1,organism = "tgo")## ...
R包：https://github.com/seankross/tidydatatutor2、JBrowse JupyterJBrowse Jupyter是一个python包，它...
1、安装clusterProfiler 安装clusterProfiler: 代码语言: 代码运行次数: >source("http://bioconductor.org/biocLite.R")>biocLite('clusterProfiler') 2、ID转换 由于clusterProfiler富集分析推荐的输入文件是Entrez ID,因此这里提取的是Entrez ID,接下来就可以进行富集分析了: ...
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DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)是一个生物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。 DAVID目前的工具可以实现以下功能 ...