KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是从基因和分子网络的角度系统分析基因功能的在线数据库,在1995年5月,在人类基因组计划框架下由日本京都大学化学研究所Minoru Kanehisa发起的。其中,KEGG PATHWAY是KEGG数据库最主要的部分,包含大多已知的代谢通路图(metabolic pathways)和调控通路图(regulatory pathways)。
在KEGG 通路结果中,点击 Pathways in cancer,可以观察提交的基因在通路中出现的位置,在最下面有该通路涉及多少个基因,而提交的基因中有多少个基因在该通路中,分别单击对应按钮,可以得到基因信息列表。 还可以得到通路图如下,是不是很炫酷~ 哇咔咔,大概就是酱紫啦~~ 作者:笑笑 更多实验方法推荐: 如何提高 PCR 特...
KEGG pathways significantly deregulated in Central Nervous System (CNS) disorders and Cancer types.Kristina IbáñezCesar BoullosaRafael TabarésSeisdedosAnaïs BaudotAlfonso Valencia
对miR-221-3p的200个差异表达靶基因进行KEGG通路及GO富集分析,得到以上靶基因集合中64个基因在KEGG通路数据库中的生物信息,178个存在于GO数据库中.KEGG通路数据库中的靶基因富集于Wnt signaling pathway(图6)、Pathways in cancer(图7)...
map-manually drawn reference pathways linked to KO, EC, and reaction entries,即手工绘制的通路图。 ec-reference metabolic pathway highlighting EC numbers (blue boxes),即分子的国际公认识别编号。 rn-reference metabolic pathway highlighting reactions (blue boxes)高亮标注某个点参与的反应、反应物及反应类型...
Recently, it has been reported that long non-coding RNAs (lncRNAs) can participate in specific functional pathways and further regulate the biological function of cancer cells. Studies on lncRNAs are therefore helpful for uncovering the underlying mechanisms of cancer biological processes. We ...
某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 59 17 3586 141 3.32E-11 --- set in set background in background GO富集分...
Kegg is a company that focuses on fertility monitoring in the healthcare sector. Use the CB Insights Platform to explore kegg's full profile.
除去疾病本体论 (Disease Ontology, DO)，DOSE包还可以完成癌症基因网络（Network of Cancer Gene，NCG）...
最后我们提取|Log2FC|>0.5,p值<0.05的显著pathways。 #cancer=1, normal=0. condition_table_for_limma <- model.matrix(~0+ condition_table$sample_type) colnames(condition_table_for_limma) <- levels(condition_table$sample_type) rownames(condition_table_for_limma) <- condition_table$TCGA_IDs #...