这里显示的就是KEGG 数据库里的 Cell cycle pathway。 Pathway Database现在也有很多, 这里列出来的就是大家用的比较多的包括KEGG, BioCarta, BioCyc,Panther,PID和Reactome 。 KEGG pathway也是一个hierarchical 的结构化的格式, 包括几大类,首先是代谢,后面还有Genetic Information Processing , Environmental Informatio...
点击cellular process,页面迅速的跳到这部分的二级pathway了,这时你可以看到二级通路下面更细化的通路,且确实有我们想要找的信息。 再点击三级分类的通路,就发现我们想要的pathway map了。例如这里我们点击三级分类pathway map的“cell cycle”,然后就得到了下面这样的通路。 注意哈,一般默认是人的pathway,如果要查看其他...
1.首先打开KEGG主页:/,点击下图框中的KEGG PATHWAY链接。 2.输入关键词:cell cycle 3.出现结果: 4.点击map 04110,出现KEGG对cell cycle的描述: 5.所有物种中相关基因的详细列表 每个基因在KEGG数据库里面有对应的ID,例如CCDN1对应的ID号:K04503,CDK4对应K02089,我们后面会用到。 相关的不同模块、疾病、日本...
1.首先打开KEGG主页:http://www./,点击下图框中的KEGG PATHWAY链接。 2.输入关键词:cell cycle 3.出现结果: 4.点击map 04110,出现KEGG对cell cycle的描述: 5.所有物种中相关基因的详细列表 每个基因在KEGG数据库里面有对应的ID,例如CCDN1对应的ID号:K04503,CDK4对应K02089,我们后面会用到。 相关的不同模块...
KEGG通路原生图(上)为我们展示了”cell cycle”这条通路及相关基因的相互作用,代谢的“骨骼”和“经络”一览无遗,从中得到的信息是不是还挺丰富的?虽说如此,但是原生图里的某些基因并非是我们研究数据中存在的,很多时候我们想要把研究的特定基因的表达变化和代谢物水平等信息标记在上面,不想局限于原生图这种单一模式...
edge = T)) #显示pathway的标注 P 图9 展示特定通路: ctgy <- c("Cell cycle","Cellular senescence") P <- cnetplot(ek2, showCategory = ctgy, #包含pathway名称的向量 color.params = list(foldChange = logFC, #用上面的logFC值标注基因的颜色 ...
KEGG通路原生图(上)为我们展示了”cell cycle”这条通路及相关基因的相互作用,代谢的“骨骼”和“经络”一览无遗,从中得到的信息是不是还挺丰富的?虽说如此,但是原生图里的某些基因并非是我们研究数据中存在的,很多时候我们想要把研究的特定基因的表达变化和代谢物水平等信息标记在上面,不想局限于原生图这种单一模式...
首先打开KEGG数据库,你会进入下面这个界面,我们直奔主题,点击KEGG PATHWAY。 点击三级分类的通路,就可以找到我们想要的pathway map了。比如点击三级分类pathway map 的“cell cycle”,然后就进入了下面这样的界面。 一般默认是人的pathway,如果你像查看其他物种上的pathway,你需要点击下拉三角形,选择你所关心的物种。如...
点击cellular process,页面迅速的跳到这部分的二级pathway了,这时你可以看到二级通路下面,更细化的通路。 再点击三级分类的通路,就可以找到我们想要的pathway map了。比如点击三级分类pathway map 的“cell cycle”,然后就进入了下面这样的界面。 注意哈,一般默认是人的pathway,如果你像查看其他物种上的pathway,你需要点...
少量基因做KEGG PATHWAY数据库注释 如果只有少量基因,其实每个基因去查询一下,就可以看到它的KEGG PATHWAY数据库注释信息啦, 每个基因都是独立的查询即可。比如大名鼎鼎的TP53,TP53基因大家都有所耳闻,而且也大概都知道它是 tumor protein p53的简称,其实它还有很多别名,比如BCC7;LFS1;P53;TRP53; : ...