在以“map”为前缀链接进去的页面主要包括7个模块,“名称(name)”、“通路描述(Description)”、“通路分类(Class)”、“通路图链接(Pathway map)”、“模块(Module)”、“其他数据库链接(Other DBs)”、“相关文章链接(Reference Author...
而KEGG pathway是其中之一,包括了代谢、调控、通路、生化、疾病、药物等相关的分子相互作用和关系网络。 打开KEGG官网,即可看到pathway的入口。 不要犹豫,点进去。 KEGG pathway共包含5个大类,分别为 org-organism-specific pathway maps for "org" linked to gene entries...
会看到KEGG PATHWAY下方的MAP通路图,点进就会到下面这个界面 Entry、Name为基本信息,Description是这个通路的简介,Pathway是通路图,点击map号可以查看完整的信号通路图 点击map编号进入通路图之后,左上方的Change pathway type 可以选择不同的物种 找到感兴趣的基因和蛋白上下游之后,就可以做后续的研究设计(药物作用靶点、...
ID :KEGG pathway IDDescription :KEGG Pathway ID 的描述GeneRatio :本次富集实验注释到该 KEGG Pathway 的基因数/本次富集实验注释到 KEGG Pathway 数据库的基因总数BgRatio :基因组中能注释到该KEGG Pathway的基因数/基因组中能注释到 KEGG Pathway数据库的基因总数pvalue :富集P value (本表格中保留 3 位小...
ID表示KEGG的PATHWAY数据库中途径标识，Description是该通路的描述，setSize：富集到该通路下的基因数，enrichmentScore是富集分数，NES表示归一化后的富集分数， pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，rank是在基因集中对ES分数贡献最大的核心基因在基因表排序中的位置（按照log2FC从大到小的排序）...
打开KEGG官网,即可看到pathway的入口。 不要犹豫,点进去。 KEGG pathway共包含5个大类,分别为 org-organism-specific pathway maps for "org" linked to gene entries (green boxes),即物种特异的通路图。 map-manually drawn reference pathways linked to KO, EC, and reaction entries,即手工绘制的通路图。
Entry、Name、Description、Class为该通路的基本信息，其中Description为 HIF-1信号通路总体的描述。Pathway ...
打开KEGG官网,即可看到pathway的入口。 不要犹豫,点进去。 KEGG pathway共包含5个大类,分别为 org-organism-specific pathway maps for 'org' linked to gene entries (green boxes),即物种特异的通路图。 map-manually drawn reference pathways linked to KO, EC, and reaction entries,即手工绘制的通路图。
图中Entry代表通路识别号,Thumbnail Image代表通路图缩略,Name代表通路的名称,Description代表对通路的描述,Object代表对象,最后的legend代表说明。 可以看到检索结果共有38个,这些结果是以检索词符合度的高低来排序的。 选择自己想要的图: 具体功能大家可以按上述方法,操作后自己慢慢摸索看看~ ...
在开始画图之前,需要整理一个表格,表格中至少包含:「pathway ID、pathway description、pathway注释/big annotation、几个富集指标、被富集到的基因」。 「前三个信息」,上一讲的表格已经整理好了,可以拿来用; 「几个富集指标」在 clusterprofiler 的输出结果中也有; ...