通过利用KEGG官网的pathway二级分类对富集结果进行汇总,可以帮助我们快速找到感兴趣的通路,例如癌症相关通路,免疫相关通路等。 汇总原理 KEGG官网页面上给出了所有pathway的名字及其隶属关系,分成三个级别。 一级分类:共7个,分别是Metabolism(代谢)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、Environmental Information Pr...
这两种图很好区分,reference pathway 在KEGG中的名字是以map开头的,比如map00010,就是糖酵解途径的参考图;而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写(应该就是一个属的首字母+2个种的首字母)比如酵母的糖酵解通路图,就是sce00010,大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。 代谢通路中...
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是系统地分析基因功能、链接基因组信息和功能信息的数据库,包括代谢通路(pathway)数据库、分层分类数据库、基因数据库、基因组数据库等。KEGG的pathway数据库是应用最广泛的代谢通路公共数据库。 富集的含义: 这里pathway富集的含义与GO富集的含义相同,也是表示差异基...
而这个功能,也是 TBtools 的基本功能之一。很多时候,我更多撰写或讲演 GO 富集分析相关内容,而忽略了 KEGG 通路富集相关。主要原因是,前者懂了,后者往往也就懂了,毕竟富集分析原理一样,只是注释信息有不同。 当然,在具体软件使用上也有点点区别,甚至有不少时候,KEGG Pathway 富集分析能提供我们更为具体的分析结果。
KEGG注释分析KEGG富集分析 针对所有鉴定到的蛋白质集合或筛选出的差异表达蛋白质进行KEGG通路注释,分析并确定这些蛋白质参与的最主要的代谢和信号转导途径。
Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以知道实验条件下哪些代谢通路发生显著改变。KEGG( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes),是一个系统分析基因产物在细胞中代谢途径的数据库,是一种最常用的代谢通路分析。 接下来,就安利一个不用安装分析软件不必有生信分析理论基础就可以在线完成的GO分析。如下图,...
1. 富集分析 为了完美重现原文的结果,这里仍然使用Metascape 进行KEGG pathway分析,分析对象为PPI网络第一个MCODE模块中的11个基因,详细的教程可参考《如何挖掘蛋白互作网络中的核心基因?》和《如何完成KEGG pathway分析并绘制气泡图?》两篇文章。 在分析报告页面中,点击Gene List Report Excel Sheet按钮,下载分析结果表...
4. 与其他通路数据库如wikipathway和reactome相似，KEGG因为其普及度而被广泛应用于生物信息分析。5. KEGG数据库集成了基因组、化学和系统功能信息，它的特色之一是将基因目录与细胞、物种和生态系统的系统功能联系起来。6. 数据库中的人工知识库是基于实验数据计算得出的，它以一种可计算的形式捕捉和组织...
基于SMPDB数据库分析 不论做基因还是代谢物,KEGG是了解代谢通路认可度最高的数据库,但结果不好的时候,我们也可以考虑一下其它数据库,如SMPDB(The Small Molecule Pathway Database)(https://smpdb.ca/)。SMPDB是专门为支持转录组、蛋白组、代谢组学和系统生物学中阐明和发现通路设计的,有自己独有的通路信息,提供...
KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上...